Genetic diversity among Brazilian soybean cultivars based on SSR loci and pedigree data

• Published in: Brazilian archives of biology and technology Vol. 53; no. 3; pp. 519 - 531
• Main Authors: Priolli, Regina Helena Geribello(Universidade de São Paulo Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Departamento de Genética), Pinheiro, José Baldin(Universidade de São Paulo Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Departamento de Genética), Zucchi, Maria Imaculada(Instituto Agronômico de Campinas Centro de Pesquisa e Desenvolvimento de Recursos Genéticos Vegetais), Bajay, Miklos Maximiliano(Instituto Agronômico de Campinas Centro de Pesquisa e Desenvolvimento de Recursos Genéticos Vegetais), Vello, Natal Antonio(Universidade de São Paulo Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Departamento de Genética)
• Format: Journal Article
• Language: English
• Published: Tecpar 01.06.2010; Instituto de Tecnologia do Paraná (Tecpar)
• Subjects: Coefficient of parentage; Glycine max (L.) Merr; microsatellite markers
• ISSN: 1516-8913; 1516-8913; 1678-4324
• DOI: 10.1590/S1516-89132010000300004

In this study, simple sequence repeats (SSR) loci and pedigree data were used to investigate the genetic relationship in a group of 168 Brazilian soybean cultivars. Eighteen SSR loci produced an average of 5.06 alleles and a mean gene diversity of 0.58 for the cultivars studied. Genetic distance (GD) was determined using the modified Roger's Wright distance, and a final dendrogram was in agreement with the cultivar pedigree. A distance matrix based on the coefficient of parentage scores was also generated for the cultivars, which ranged from 0 to 1, with a mean of 0.18, whereas SSR-based genetic similarity (1- GD) ranged from 0.01 to 0.90, with a mean of 0.25. Mantel's Z test showed that the similarity matrices generated from both the data sets were low, but significantly correlated (r = 0.31, p<0.001). The results showed that SSR data and pedigree analyses could help to quantify more accurately the degree of relationship among the soybean cultivars. Locos microssatélites e dados de genealogia foram utilizados para avaliar a diversidade genética de um grupo de 168 cultivares brasileiras de soja. Os dezoito locos utilizados apresentaram em média 5,06 alelos por loco e coeficiente de diversidade genética médio de 0,58. O dendrograma final resultante da matriz de distância genética de Roger modificado por Wright, apresentou boa concordância com a ancestralidade dos grupos formados. Também foi estimado os coeficientes de parentesco entre as cultivares, sendo observada variação de 0 a 1 com média de 0,18, enquanto que as similaridades para os locos microssatélites (1- GD) variou de 0,01 a 0,90 com média de 0,25. A correlação entre as duas matrizes obtidas determinada pelo teste Z de Mantel apresentou valor baixo, 0,31, mas significativo (p<0,001). Os resultados obtidos sugerem que os locos microssatélites aliados às informações de genealogia proporcionam melhor análise da diversidade genética de cultivares de soja.