Sequence polymorphism from EST data in sugarcane: a fine analysis of 6-phosphogluconate dehydrogenase genes

• Published in: Genetics and molecular biology Vol. 24; no. 1-4; pp. 161 - 167
• Main Authors: Grivet, L., Glaszmann, J.C., Arruda, P.
• Format: Journal Article
• Language: English
• Published: Sociedade Brasileira de Genética 01.12.2001
• Subjects: BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY; GENETICS & HEREDITY
• ISSN: 1415-4757; 1678-4685; 1415-4757; 1678-4685
• DOI: 10.1590/S1415-47572001000100022

This paper presents preliminary results demonstrating the use of the sugarcane expressed sequence tag (EST) database (SUCEST) to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs) inside 6-phosphogluconate dehydrogenase genes (Pgds). Sixty-four Pgd-related EST sequences were identified and partitioned into two clear-cut sets of 14 and 50 ESTs, probably corresponding to two genes, A and B, respectively. Alignment of A sequences allowed the detection of a single SNP while alignment of B sequences permitted the detection of 39 reliable SNPs, 27 of which in the coding sequence of the gene. Thirty-eight SNPs were binucleotidic and a single one was trinucleotidic. Nine insertions/deletions from one to 72 base pairs long were also detected in the noncoding 3’ and 5’ sequences. The soundness and the consequences of those preliminary observations on sequence polymorphism in sugarcane are discussed. O presente estudo apresenta resultados preliminares demonstrando a utilização da base de dados de ESTs de cana-de-açúcar para detectar polimorfismo de base única (SNP para Single Nucleotide Polymorphism). Sessenta e quatro ESTs relacionados aos genes da 6-phosphogluconate deshydrogenases (Pgds) foram identificados e divididos em dois conjuntos bem delimitados, de 14 e 50 ESTs, correspondendo a dois genes, A e B. O alinhamento das seqüências do grupo A permitiu a detecção de um único SNP e o alinhamento das seqüências do grupo B permitiu a detecção de 39 SNP, incluindo 27 na região codificante do gene. Trinta e oito SNP foram bi-nucleotídicos e um único tri-nucleotídico. Nove inserções/supressões de um até 72 pares de base foram detectados nas regiões não-codificantes 3’ ou 5’. A robustez e as conseqüências dessas observações preliminares são discutidas.