The 5′-promoter and coding region of the macrophage expressed lysozyme encoding-gene do not reveal variants associated with high serum lytic activity in Polish Black-and-White cattle

• Published in: Journal of animal breeding and genetics (1986) Vol. 120; no. 2; pp. 132 - 136
• Main Authors: Pareek, C. S., Seyfert, H.-M., Walawski, K., Pareek, R. S., Schwerin, M.
• Format: Journal Article
• Language: English
• Published: Berlin, Germany Blackwell Verlag GmbH 01.04.2003
• ISSN: 0931-2668; 1439-0388
• DOI: 10.1046/j.1439-0388.2003.00382.x

Summary In a previous study two bulls were identified in the Polish Black‐and‐White Lowland cattle population that inherited an increased serum lytic activity (LZM+) in a heterozygous fashion. The LZM+ phenotype shows in both half‐sib families a strong co‐segregation with a particular allele of the LysMic microsatellite localized within intron 2 of the immunorelevant macrophage expressed lysozyme encoding‐gene (mLYZ). No trait‐associated mLYZ promoter variant had previously been found. Here, we examine genetic polymorphisms within the entire coding region of this gene by comparative sequence analyses of all four exons in both bulls and two progenies exhibiting low serum lytic activity (LZM0). We found no mutations in the coding sequence of mLYZ gene. However, two single nucleotide polymorphisms were detected in introns 2 and 3 of this mLYZ gene at positions 8603 (C/T transition) and 9963 (C/A transversion). A polymerase chain reaction‐restriction fragment length polymorphism assay was developed to detect the C/T transition in intron 2, creating a polymorphic Sau3A restriction site. The ‘T’‐residue‐harbouring allele segregates with the LZM+ phenotype and is tightly linked to the previously reported diagnostic allele 7 of the LysMic microsatellite. Unaltered DNA sequences in both, promoter and coding region of mLYZ encoding gene in animals with high and low lytic activity indicates that this parameter is influenced by factors other than quantity or quality of the enzyme encoded by this gene. Zusammenfassung Promotor und kodierender Bereich des makrophagen‐exprimierten Lysozym‐genes zeigen keine Varianten, die mit der hohen lytischen Aktivität des Serums beim Polnischen Schwarzbunten Rind assoziiert sind In einer vorhergehenden Untersuchung sind beim Polnischen Schwarzbunten Rind zwei Bullen identifiziert worden, die eine erhöhte lytische Serumaktivität (LZM+) in heterozygoter Weise vererben. Der LZM+‐Phänotyp weist in beiden Halbgeschwisterfamilien eine enge Kosegregation mit einem spezifischen Allel des LysMic‐Mikrosatelliten auf, der im Intron 2 des immunrelevanten makrophagen‐exprimierten lysozym‐codierenden Genes (mLYZ) lokalisiert ist. In vorherigen Untersuchungen konnten keine merkmalsassoziierten mLYZ‐Promotorvarianten gefunden werden. Hier untersuchten wir genetische Polymorphismen innerhalb der vollständigen kodierenden Region dieses Genes durch vergleichende Sequenzierung aller 4 Exons in beiden Bullen und zwei Nachkommen, die eine niedrige lytische Serumaktivität (LZM0) aufwiesen. In der kodierenden Sequenz des mLYZ‐Geneskonnten keine Mutationen beobachtet werden. Allerdings wurden zwei Einzelbasenpaarpolymorphismen in den Introns 2 und 3 dieses Genes in Position 8603 (C/T‐Transition) und 9963 (C/A‐Transversion) nachgewiesen. Ein PCR‐Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus‐test wurde entwickelt, um die C/T‐Transition im Intron 2, die einen polymorphen Sau3A‐Restriktionsort erzeugt, nachzuweisen. Das ‘T’‐Nukleotid‐enthaltende Allele segregiert mit dem LZM+‐Phänotyp und ist eng mit dem diagnostischen Allel ‘7’ des LysMic‐Mikrosatelliten gekoppelt. Unveränderte DNA‐Sequenzen sowohl in der Promotor‐ als auch der kodierenden Region des mLYZ‐kodierenden Genes in Tieren mit hoher und niedriger lytischer Aktivität weisen darauf hin, dass dieses Merkmal durch andere Faktoren beeinflusst wird.