De novo transcriptome assembly and identification of G-Protein-Coupled-Receptors (GPCRs) in two species of monogenean parasites of fish

• Published in: Parasite (Paris) Vol. 29; p. 51
• Main Authors: Caña-Bozada, Víctor, Morales-Serna, F. Neptalí, Fajer-Ávila, Emma J., Llera-Herrera, Raúl
• Format: Journal Article
• Language: English
• Published: EDP Sciences 01.01.2022
• Subjects: dactylogyridae; diplectanidae; genomics; platyhelminthes; proteins; rhodopsin
• ISSN: 1776-1042; 1252-607X; 1776-1042
• DOI: 10.1051/parasite/2022052

Genomic resources for Platyhelminthes of the class Monogenea are scarce, despite the diversity of these parasites, some species of which are highly pathogenic to their fish hosts. This work aimed to generate de novo -assembled transcriptomes of two monogenean species, Scutogyrus longicornis (Dactylogyridae) and Rhabdosynochus viridisi (Diplectanidae), providing a protocol for cDNA library preparation with low input samples used in single cell transcriptomics. This allowed us to work with sub-microgram amounts of total RNA with success. These transcriptomes consist of 25,696 and 47,187 putative proteins, respectively, which were further annotated according to the Swiss-Prot, Pfam, GO, KEGG, and COG databases. The completeness values of these transcriptomes evaluated with BUSCO against Metazoa databases were 54.1% and 73%, respectively, which is in the range of other monogenean species. Among the annotations, a large number of terms related to G-protein-coupled receptors (GPCRs) were found. We identified 109 GPCR-like sequences in R. viridisi , and 102 in S. longicornis , including family members specific for Platyhelminthes. Rhodopsin was the largest family according to GRAFS classification. Two putative melatonin receptors found in S. longicornis represent the first record of this group of proteins in parasitic Platyhelminthes. Forty GPCRs of R. viridisi and 32 of S. longicornis that were absent in Vertebrata might be potential drug targets. The present study provides the first publicly available transcriptomes for monogeneans of the subclass Monopisthocotylea, which can serve as useful genomic datasets for functional genomic research of this important group of parasites. Les ressources génomiques pour les Plathelminthes de la classe Monogenea sont rares, malgré la diversité de ces parasites dont certaines espèces sont hautement pathogènes pour leurs hôtes poissons. Ce travail visait à générer des transcriptomes assemblés de novo pour deux espèces de monogènes, S cutogyrus longicornis (Dactylogyridae) et Rhabdosynochus viridisi (Diplectanidae), fournissant un protocole pour la préparation de la bibliothèque d’ADNc avec des échantillons à faible apport utilisés en transcriptomique unicellulaire, ce qui a permis de travailler avec des quantités inférieures au microgramme d’ARN total avec succès. Ces transcriptomes se composent de 25 696 et 47 187 protéines putatives, respectivement, qui ont ensuite été annotées selon les bases de données Swiss-Prot, Pfam, GO, KEGG et COG. L’exhaustivité de ces transcriptomes évaluée avec BUSCO par rapport aux bases de données des Métazoaires était respectivement de 54,1 % et 73 %, ce qui est dans la gamme des autres espèces de monogènes. Parmi les annotations, un grand nombre de termes liés aux récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) ont été trouvés. Nous avons identifié 109 séquences de type RCPG chez R. viridisi et 102 chez S. longicornis , y compris des membres de la famille spécifiques de Platyhelminthes. La rhodopsine était la plus grande famille selon la classification GRAFS. Deux récepteurs putatifs de la mélatonine trouvés chez S. longicornis représentent le premier signalement de ce groupe de protéines chez les Plathelminthes parasites. Quarante RCPG de R. viridisi et 32 de S. longicornis , qui sont absents chez les Vertébrés, pourraient être des cibles médicamenteuses potentielles. La présente sont fournit les premiers transcriptomes accessibles au public pour les monogènes de la sous-classe Monopisthocotylea, qui peuvent servir d’ensembles de données génomiques utiles pour la recherche génomique fonctionnelle de cet important groupe de parasites.