Assessment of Genetic Diversity in Safflower (Carthamus tinctorius L.) Using RAPD Markers

• Published in: Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi Vol. 29; no. 2; pp. 300 - 308
• Main Authors: AKÇALI GIACHINO, Refiye Refika, İNAN, Duygu
• Format: Journal Article
• Language: English
• Published: 28.06.2019
• ISSN: 1308-7576
• DOI: 10.29133/yyutbd.560936

This research was carried out to determine the genetic distances and variability between some safflower landraces and registered varieties. As plant material, four safflower landraces (TR 49119, TR 42630, TR 42670 and TR 64702) and three registered varieties (Yenice 5-38, Remzibey 05 and Dinçer 5-118) obtained from the Aegean Agricultural Research Institute, Turkey were used. The safflower varieties were analyzed at the molecular level using RAPD markers. The polymorphic band ratios of ten RAPD primers varied from 33.3% to (OPK-11) 80% (OPS-04). The average polymorphic band ratio was found to be 63.9%. The polymorphism information content values of the RAPD primers ranged from 0.24 for OPC-03 to 0.46 for OPA-19. The mean PIC value was determined as 0.38. The mean resolution power value was found to be 3.37, the effective multiplex ratio value was 4.14, and the marker index value was 1.57. The genetic distances were obtained using NTSYS-pc 2.20j statistic package program according to Jaccard’s similarity coefficient. The genetic similarity values of the safflower genotypes varied between 0.61 and 0.85. The average similarity was calculated as 0.69. The cluster analyses of the RAPD markers grouped the genotypes into two major clusters (UPGMA dendrogram). With slight differences, the landraces and registered varieties were included in separate groups. The TR 64702 line and Remzibey 05 registered variety were genetically most similar genotypes with a value of 0.85. Çalışmada, Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü’nden temin edilmiş olan 4 yerel çeşit (TR 49119, TR 42630, TR 42670 ve TR 64702) ve üç adet tescilli aspir çeşidi (Yenice 5-38, Remzibey 05 ve Dinçer 5-118) materyal olarak kullanılmıştır. Aspir çeşitleri, RAPD markörleri kullanılarak moleküler düzeyde analiz edilmiştir. Kullanılan on adet RAPD primerinin polimorfik bant oranı % 33.3 (OPK-11) ile % 80 (OPS-04) arasında değişim göstermiştir. Ortalama polimorfik bant oranı % 63.9 olarak belirlenmiştir. RAPD primerlerinin polimorfik bilgi içeriği (PIC) değerleri incelendiğinde, 0.24 (OPC-03) ile 0.46 (OPA-19) arasında değişim gösterdiği gözlenmiştir. Ortalama PIC değeri 0.38 olarak bulunmuştur. Ortalama çözümleme gücü değeri 3.37, etkili multipleks oran değeri 4.14 ve markör endeks değeri ise 1.57 olarak belirlenmiştir. NTSYS-pc 2.20j istatistik paket programında Jaccard’ın benzerlik katsayısına göre genotipler arasındaki genetik uzaklık değerleri elde edilmiştir. Aspir genotiplerine ait genetik benzerlik değerleri 0.61 ile 0.85 arasında değişim göstermiştir. Ortalama benzerlik oranı 0.69 olarak bulunmuştur. Aspir çeşitleri UPGMA gruplandırmasına göre iki gruba ayrılmışlardır. Küçük bir nüansla yerli ve tescilli çeşitler ayrı gruplarda yer almıştır. TR 64702 yerel çeşidi ile Remzibey 05 tescilli çeşidi 0.85 değeriyle genetik olarak en benzer genotipler olarak gözlenmiştir.