Application of Oligonucleotide Microarray for the Detection and Genotyping of cry Genes in Bacillu thuringiensis

• Published in: Chilean journal of agricultural research Vol. 70; no. 2; pp. 213 - 220
• Main Authors: Xu-Guang, Liu(Institute of Plant Protection (CAAS) State Key Laboratory for Biology of Plant Diseases and Insect Pests ,Lianyungang Teachers College), Fu-Ping, Song(Institute of Plant Protection (CAAS) State Key Laboratory for Biology of Plant Diseases and Insect Pests), Si-Yuan, Wen(Beijing Institute of Radiation Medicine Science), Sheng-Qi, Wang(Beijing Institute of Radiation Medicine Science), Da-Fang, Huang(Chinese Academy of Agricultural Sciences Institute of Biotechnology), Jie, Zhang(Institute of Plant Protection (CAAS) State Key Laboratory for Biology of Plant Diseases and Insect Pests)
• Format: Journal Article
• Language: English; Portuguese
• Published: Instituto de Investigaciones Agropecuarias, INIA 01.06.2010
• Subjects: AGRICULTURE, MULTIDISCIPLINARY; AGRONOMY; bioinformatics; bioinformática; cry genes; genes cry; genotyping; marcación con primer al azar; microarreglo de oligonucleótidos; oligonucleotide microarray; random primer labeling; tipificación génica; genes cry; genotyping; bioinformatics; oligonucleotide microarray; microarreglo de oligonucleótidos; tipificación génica; marcación con primer al azar; cry genes; random primer labeling; bioinformática
• ISSN: 0718-5839; 0718-5839
• DOI: 10.4067/S0718-58392010000200004

We have developed a parallel, rapid, high-throughput oligonucleotide microarray-based assay for the reliable detection and genotyping of three cry genes (cry1, cry2 and cry9) in Bacillus thuringiensis (Bt). After the non-polymerase chain reaction (PCR), amplified Bt genomic DNA were fluorescent-labeled using a random primer.   The corresponding oligonucleotide probes were designed for the different cry genes that can hybridize Bt genomic DNA after cluster analysis and were printed on glass slides. This microarray has unambiguously detected and identified the cry genes in 10 isolates and reference Bt. Our data demonstrates that the microarray assay is simple and rapid for the detection and genotyping of genes. This type of assay is also a potentially valuable tool for identification and characterization of bacterial functional genes in general. Se desarrolló un ensayo paralelo, rápido, de alto rendimiento, basado en microarreglo de oligonucleótidos para la detección y tipificación génica confiable de tres genes cry (cry1, cry2 y cry9) en Bacillus thuringiensis (Bt). Después de la no reacción de cadena polimerasa (PCR), el ADN genómico de Bt amplificado se marcó con fluorescencia usando primer al azar. Las correspondientes sondas de oligonucleótido fueron diseñadas por los diferentes genes cry en ADN genómico de Bt que pueden ser hibridados después de análisis cluster y se imprimieron en portaobjetos de vidrio. Este microarreglo ha detectado e identificado sin ambigüedad los genes cry en 10 aislamientos y Bt de referencia. Nuestros datos demuestran que el microarreglo es simple y rápido para la detección y tipificación génica de genes. Este tipo de ensayo es además una herramienta potencialmente valiosa para identificación y caracterización de genes funcionales bacterianos en general.