Méthodes d’identification et de quantification des moisissures de l’habitat : méthodes classiques, méthodes moléculaires

• Published in: Revue des maladies respiratoires Vol. 34; no. 10; pp. 1124 - 1137
• Main Authors: Fréalle, E., Bex, V., Reboux, G., Roussel, S., Bretagne, S.
• Format: Journal Article
• Language: French
• Published: Elsevier Masson SAS 01.12.2017
• Subjects: Collecteur de poussières; Contamination intradomiciliaire; Dust collector; Environmental air exposure; Exposition aérienne; Household contamination; Moisissure; Mould; PCR quantitative; Quantitative PCR; Collecteur de poussières; Household contamination; Contamination intradomiciliaire; Dust collector; Exposition aérienne; PCR quantitative; Moisissure; Mould; Environmental air exposure; Quantitative PCR
• ISSN: 0761-8425
• DOI: 10.1016/j.rmr.2017.01.009

Pour appréhender les répercussions de l’inhalation constante et inévitable de spores de moisissures il est nécessaire de les prélever, les identifier et les quantifier. Les prélèvements sont de trois types : (i) surfaces, de réalisation facile mais non quantifiables, (ii) air, faciles à calibrer mais limités dans le temps, et (iii) poussières, plus représentatifs dans le temps d’une exposition aux moisissures. La stratégie d’échantillonnage dépend des objectifs (exposition des personnes, objectiver la contamination, efficacité de la remédiation). L’identification des colonies obtenues en culture est réalisée par microscopie, Maldi-TOF, et/ou par séquençage ADN. Les capteurs à poussières, faciles à mettre en œuvre et peu coûteux, représentent une alternative pour la caractérisation qualitative et quantitative de la flore fongique lors des enquêtes à domicile. Le comptage des colonies devrait être progressivement associé aux méthodes de PCR quantitative en temps réel dans l’attente de standardisation des méthodes de séquençage à haut débit. La diversité des moisissures, du nombre de spores inhalées, et l’association à d’autres allergènes rendent l’évaluation des liens entre moisissures et impact sur la santé difficile, d’où l’importance du développement d’outils quantitatifs faciles à mettre en œuvre. To study the impact of the constant and inevitable inhalation of moulds, it is necessary to sample, identify and count the spores. Environmental sampling methods can be separated into three categories: surface sampling is easy to perform but non quantitative, air sampling is easy to calibrate but provides time limited information, and dust sampling which is more representative of long term exposure to moulds. The sampling strategy depends on the objectives (evaluation of the risk of exposure for individuals; quantification of the household contamination; evaluation of the efficacy of remediation). The mould colonies obtained in culture are identified using microscopy, Maldi-TOF, and/or DNA sequencing. Electrostatic dust collectors are an alternative to older methods for identifying and quantifying household mould spores. They are easy to use and relatively cheap. Colony counting should be progressively replaced by quantitative real-time PCR, which is already validated, while waiting for more standardised high throughput sequencing methods for assessment of mould contamination without technical bias. Despite some technical recommendations for obtaining reliable and comparable results, the huge diversity of environmental moulds, the variable quantity of spores inhaled and the association with other allergens (mites, plants) make the evaluation of their impact on human health difficult. Hence there is a need for reliable and generally applicable quantitative methods.