Séquençage complet de l’exome dans les néphropathies indéterminées des jeunes adultes : séquençage d’abord et rétrophénotypage ensuite ?

• Published in: Néphrologie & thérapeutique Vol. 15; no. 5; pp. 277 - 278
• Main Authors: Doreille, A., Raymond, L., Yosu, L., Xu, X., Homs, S., François, H., Rafat, C., Ouali, N., Rondeau, E., Mesnard, L.
• Format: Journal Article
• Language: French
• Published: Elsevier Masson SAS 01.09.2019
• ISSN: 1769-7255; 1872-9177
• DOI: 10.1016/j.nephro.2019.07.039

Les examens de génétique ne sont souvent prescrits que dans des cas particuliers en néphrologie adulte. En France, les tests génétiques habituellement réalisés sont des panels de gènes, soit le séquençage d’un nombre réduit de gènes ciblant au mieux le phénotype du patient. Depuis un an, nous avons mis en place une approche sans a priori, par séquençage de l’exome (Whole Exome Sequencing, WES) chez les jeunes adultes avec une néphropathie d’origine indéterminée. Nous avons évalué le rendement diagnostique du WES dans notre population et les répercutions cliniques des diagnostiques effectués. Dans notre service, depuis 2018, tous les patients avec une néphropathie indéterminée débutant avant l’âge de 45 ans ont la possibilité d’être séquencés si leurs parents acceptent d’être prélevés (« exome trio ») afin de pouvoir étudier la ségrégation d’un possible variant pathogène. En l’absence d’apparenté disponible, la possibilité d’un examen génétique (« exome solo ») n’est offerte qu’en cas de forte suspicion de néphropathie d’origine génétique (consanguinité, antécédent familial de néphropathie). Les patients atteints d’une polykystose dominante étaient exclus de l’étude. Le rendement diagnostique du WES est de 28 % dans cette population (Tableau 1). Les principaux diagnostics génétiques étaient des néphronophtises, des basolopathies et des polykystoses récessives. Ces résultats étaient le plus souvent inattendus, avec des phénotypes cliniques relativement pauvres. Dans tous les cas, le diagnostic génétique a eu des conséquences cliniques : nouvelle perspective clinique, conseil génétique familial et aide pour la sélection des donneurs en cas de don vivant apparenté. Du fait de leur phénotype souvent atypique et pauvre, nous méconnaissons probablement un grand nombre de néphropathies d’origine génétique chez l’adulte. Avec un important rendement diagnostique, des conséquences cliniques et thérapeutiques majeures et un coût mesuré (∼2000€), l’accès au séquençage de l’exome dans les néphropathies indéterminées des jeunes adultes devrait être développé.