Nodule d’Orf : second génome viral décrit et séquencé chez l’homme

• Published in: Annales de dermatologie et de vénéréologie Vol. 145; no. 12; p. S292
• Main Authors: David, L., Andreani, J., Secq, V., La Scola, B., Delaporte, E., Berbis, P., Fongue, J.
• Format: Journal Article
• Language: French
• Published: Elsevier Masson SAS 01.12.2018
• Subjects: Nodule Orf; Parapoxvirus; Séquençage génomique; Nodule Orf; Parapoxvirus; Séquençage génomique
• ISSN: 0151-9638
• DOI: 10.1016/j.annder.2018.09.467

Le nodule d’Orf est une zoonose virale rare due à l’infection par un Parapoxvirus. Il est transmis à l’homme par contact d’ovins ou caprins eux-mêmes atteints d’ecthyma contagieux. Le diagnostic suspecté cliniquement peut être confirmé par examen au microscope électronique ou par PCR spécifique ciblant le genre Parapoxvirus. Nous rapportons l’observation d’un nodule d’Orf chez une patiente dont le génome complet a été séquencé. Il s’agit du second génome viral décrit à partir d’une infection humaine. Une patiente de 65 ans consultait pour l’apparition récente de lésions nodulaires siégeant au niveau des doigts. Elle décrivait un contact avec un mouton trois semaines avant le début des symptômes. Elle présentait 3 nodules indolores érythémateux bien limités croûteux avec un halo inflammatoire. Le bilan biologique était sans particularité. L’exérèse d’un nodule mettait en évidence une hyperplasie acanthomateuse et papillomateuse de l’épiderme avec un aspect ballonisé des kératinocytes et un important infiltrat inflammatoire dermique. Un Parapoxvirus était détecté par une PCR spécifique confirmant le diagnostic de nodule d’Orf. L’isolement du virus était réalisé sur des cellules de testicule de mouton et le génome complet du virus était réalisé. Cette souche, Orf virus IHUMI-1, représente 132 823 paires de bases avec 127 protéines prédites dont 3 ORFans (protéines n’ayant pas de résultat connu dans les bases de données). De façon surprenante, les analyses de génomique comparatives (notamment l’analyse phylogénétique) réalisées sur les souches complètes montraient un regroupement des 2 génomes isolés après transmission chez l’homme par rapport aux autres souches connues. Ce regroupement était aussi trouvé en utilisant OrthoANI avec une identité nucléotidique de 98,77 % entre ces 2 souches (Fig. 1 et 2). Le nodule d’Orf est une pathologie rare et souvent méconnue, assez typique cliniquement. Le virus responsable est difficilement cultivable. Les lésions régressent spontanément en 6 à 24 semaines posant rarement un problème thérapeutique. Des complications sont néanmoins possibles, dominées par la surinfection bactérienne. Les Parapoxvirus peuvent être mis en évidence par microscopie électronique directe ou par PCR spécifique mais aussi par mise en culture. À l’ère génomique l’augmentation de génomes disponibles est nécessaire pour une meilleure appréhension de la diversité des souches ainsi que leur distribution à l’échelle mondiale et régionale. Les résultats que nous avons obtenus doivent être confirmés par la disponibilité de nouveaux génomes complets. Le but étant de mieux définir les souches virales susceptibles d’infecter l’homme, et d’adapter la prophylaxie (vaccination) chez l’animal. Nous rapportons ici le deuxième génome de parapoxvirus isolé d’humain disponible dans les bases de données.