基于关联分析挖掘小麦SDS沉降值相关候选基因及KASP标记开发

S511; SDS沉降值是小麦品质育种的一项重要指标.对145份小麦品种的SDS沉降值进行了全基因组关联分析,在染色体3DL末端鉴定到成簇的显著信号,结合peak SNP的位置与LD衰减距离锁定587.514～589.514 Mb为候选区段;利用重测序数据(http://wheat.cau.edu.cn/WheatUnion/)发掘该区段内候选基因的变异位点,再对SDS沉降值的候选基因进行关联分析.综合关联结果、基因注释和基因表达分析,获得沉降值相关候选基因TraesCS3D03G1092400,命名为TaAGAP-3D.基于该基因的多态性SNP位点开发了可供育种利用的KASP标记Sv-3D-...

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Published in中国农业科技导报 Vol. 26; no. 12; pp. 18 - 29
Main Authors 刘海霞, 张寅辉, 庄蕾, 郭梦娇, 赵李, 吴美娟, 侯健, 李甜, 刘红霞, 张学勇, 郝晨阳
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 中国农业科学院作物科学研究所,作物基因资源与育种全国重点实验室,农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程,北京 100081 2024
Subjects
候选基因关联分析
candidate gene association study
SDS沉降值
全基因组关联分析
genome-wide association study
小麦
SDS-sedimentation value
KASP标记
common wheat
KASP marker
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ISSN1008-0864
DOI10.13304/j.nykjdb.2024.0895

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Summary:S511; SDS沉降值是小麦品质育种的一项重要指标.对145份小麦品种的SDS沉降值进行了全基因组关联分析,在染色体3DL末端鉴定到成簇的显著信号,结合peak SNP的位置与LD衰减距离锁定587.514～589.514 Mb为候选区段;利用重测序数据(http://wheat.cau.edu.cn/WheatUnion/)发掘该区段内候选基因的变异位点,再对SDS沉降值的候选基因进行关联分析.综合关联结果、基因注释和基因表达分析,获得沉降值相关候选基因TraesCS3D03G1092400,命名为TaAGAP-3D.基于该基因的多态性SNP位点开发了可供育种利用的KASP标记Sv-3D-KASP,发现TaAGAP-3 D(C)为SDS沉降值相关的优异等位变异.研究结果将为小麦SDS沉降值的遗传改良提供有效分子标记,同时也为进一步克隆品质基因提供参考.
ISSN:1008-0864
DOI:10.13304/j.nykjdb.2024.0895