基于关联分析挖掘小麦SDS沉降值相关候选基因及KASP标记开发 - 刘海霞; 张寅辉; 庄蕾; 郭梦娇; 赵李; 吴美娟; 侯健; 李甜; 刘红霞; 张学勇; 郝晨阳 (中国农业科技导报, 2024)
S511; SDS沉降值是小麦品质育种的一项重要指标.对145份小麦品种的SDS沉降值进行了全基因组关联分析,在染色体3DL末端鉴定到成簇的显著信号,结合peak SNP的位置与LD衰减距离锁定587.514～589.514 Mb为候选区段;利用重测序数据(http://wheat.cau.edu.cn/WheatUnion/)发掘该区段内候选基因的变异位点,再对SDS沉降值的候选基因进行关联分析.综合关联结果、基因注释和基因表达分析,获得沉降值相关候选基因TraesCS3D03G1092400,命名为TaAGAP-3D.基于该基因的多态性SNP位点开发了可供育种利用的KASP标记Sv-3D-KASP,发现TaAGAP-3 D(C)为SDS沉降值相关的优异等位变异.研究结果将为小麦SDS沉降值的遗传改良提供有效分子标记,同时也为进一步克隆品质基因提供参考.