急性髓系白血病铁死亡相关基因筛选及预后模型的建立

Q344+.14; 基于急性髓系白血病(Acute Myeloid Leukemia,AML)临床大数据及多组学数据库探讨铁死亡相关基因在AML中的作用,并建立铁死亡基因表达相关预后模型.整合TCGA数据库中151 例AML患者和GTEx数据库中337 例正常人外周血的临床和转录组数据.将Wilcoxon检验和单因素 Cox 分析结果取交集,筛选出预后相关差异表达基因(Differential Expression Genes,DEGs),使用Lasso回归建立基因标志物预后模型,利用受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic Curve,ROC曲线...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in生物信息学 Vol. 21; no. 2; pp. 128 - 137
Main Authors 陈浩然, 王紫宁, 耿杰, 张钧栋, 智鹏, 张昊军, 李泓毅, 张力中, 吴胜男, 卢学春, 贺培凤
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 中国人民解放军总医院 第二医学中心血液科,国家老年疾病临床医学研究中心,北京 100853%山西医科大学 基础医学院,山西 晋中 030606%中国人民解放军总医院 第二医学中心血液科,国家老年疾病临床医学研究中心,北京 100853 2023
山西医科大学 管理学院,山西 晋中 030606%解放军医学院,北京 100853
Subjects
预后模型
铁死亡
转录组
急性髓系白血病
Online AccessGet full text

Cover

Abstract Q344+.14; 基于急性髓系白血病(Acute Myeloid Leukemia,AML)临床大数据及多组学数据库探讨铁死亡相关基因在AML中的作用,并建立铁死亡基因表达相关预后模型.整合TCGA数据库中151 例AML患者和GTEx数据库中337 例正常人外周血的临床和转录组数据.将Wilcoxon检验和单因素 Cox 分析结果取交集,筛选出预后相关差异表达基因(Differential Expression Genes,DEGs),使用Lasso回归建立基因标志物预后模型,利用受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic Curve,ROC曲线)评价预测价值,Kaplan-Meier法进行生存分析,对AML患者临床数据进行单因素和多因素Cox回归分析,使用差异基因表达分析等方法比较高、低风险患者间的组学差异,最后,利用BeatAML数据库对基因标志物进行验证.将差异基因表达分析和单因素分析结果取交集,得到 13 个预后相关DEGs.构建了8 个基因标志物的预后评分模型,并将患者分为高、低风险两组;ROC曲线分析证实了模型良好的预测性能;生存分析提示高、低风险组患者的生存率具有显著差异;单因素分析显示年龄和风险评分与患者整体生存显著相关,多因素分析显示,年龄和风险评分是独立预后指标.在 2 个风险组之间筛选出384 个DEGs,GO富集分析结果显示,富集的基因大多与中性粒细胞和白细胞的趋化与迁移等免疫相关分子和通路显著相关,KEGG富集通路主要与TNF信号通路、细胞因子与细胞因子受体相互作用相关.BeatAML数据库验证结果显示,5 个基因与预后显著相关.铁死亡相关基因在AML中显著表达,且高风险患者预后较差,该研究对AML铁死亡相关潜在生物标志物的发现和应用奠定了一定的基础.
AbstractList Q344+.14; 基于急性髓系白血病(Acute Myeloid Leukemia,AML)临床大数据及多组学数据库探讨铁死亡相关基因在AML中的作用,并建立铁死亡基因表达相关预后模型.整合TCGA数据库中151 例AML患者和GTEx数据库中337 例正常人外周血的临床和转录组数据.将Wilcoxon检验和单因素 Cox 分析结果取交集,筛选出预后相关差异表达基因(Differential Expression Genes,DEGs),使用Lasso回归建立基因标志物预后模型,利用受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic Curve,ROC曲线)评价预测价值,Kaplan-Meier法进行生存分析,对AML患者临床数据进行单因素和多因素Cox回归分析,使用差异基因表达分析等方法比较高、低风险患者间的组学差异,最后,利用BeatAML数据库对基因标志物进行验证.将差异基因表达分析和单因素分析结果取交集,得到 13 个预后相关DEGs.构建了8 个基因标志物的预后评分模型,并将患者分为高、低风险两组;ROC曲线分析证实了模型良好的预测性能;生存分析提示高、低风险组患者的生存率具有显著差异;单因素分析显示年龄和风险评分与患者整体生存显著相关,多因素分析显示,年龄和风险评分是独立预后指标.在 2 个风险组之间筛选出384 个DEGs,GO富集分析结果显示,富集的基因大多与中性粒细胞和白细胞的趋化与迁移等免疫相关分子和通路显著相关,KEGG富集通路主要与TNF信号通路、细胞因子与细胞因子受体相互作用相关.BeatAML数据库验证结果显示,5 个基因与预后显著相关.铁死亡相关基因在AML中显著表达,且高风险患者预后较差,该研究对AML铁死亡相关潜在生物标志物的发现和应用奠定了一定的基础.
Author 王紫宁
张昊军
李泓毅
张钧栋
吴胜男
陈浩然
卢学春
智鹏
贺培凤
张力中
耿杰
AuthorAffiliation 山西医科大学 管理学院,山西 晋中 030606%解放军医学院,北京 100853;中国人民解放军总医院 第二医学中心血液科,国家老年疾病临床医学研究中心,北京 100853%山西医科大学 基础医学院,山西 晋中 030606%中国人民解放军总医院 第二医学中心血液科,国家老年疾病临床医学研究中心,北京 100853
AuthorAffiliation_xml – name: 山西医科大学 管理学院,山西 晋中 030606%解放军医学院,北京 100853;中国人民解放军总医院 第二医学中心血液科,国家老年疾病临床医学研究中心,北京 100853%山西医科大学 基础医学院,山西 晋中 030606%中国人民解放军总医院 第二医学中心血液科,国家老年疾病临床医学研究中心,北京 100853
Author_FL WANG Zining
CHEN Haoran
ZHI Peng
ZHANG Jundong
ZHANG Haojun
LI Hongyi
LU Xuechun
HE Peifeng
GENG Jie
ZHANG Lizhong
WU Shengnan
Author_FL_xml – sequence: 1
  fullname: CHEN Haoran
– sequence: 2
  fullname: WANG Zining
– sequence: 3
  fullname: GENG Jie
– sequence: 4
  fullname: ZHANG Jundong
– sequence: 5
  fullname: ZHI Peng
– sequence: 6
  fullname: ZHANG Haojun
– sequence: 7
  fullname: LI Hongyi
– sequence: 8
  fullname: ZHANG Lizhong
– sequence: 9
  fullname: WU Shengnan
– sequence: 10
  fullname: LU Xuechun
– sequence: 11
  fullname: HE Peifeng
Author_xml – sequence: 1
  fullname: 陈浩然
– sequence: 2
  fullname: 王紫宁
– sequence: 3
  fullname: 耿杰
– sequence: 4
  fullname: 张钧栋
– sequence: 5
  fullname: 智鹏
– sequence: 6
  fullname: 张昊军
– sequence: 7
  fullname: 李泓毅
– sequence: 8
  fullname: 张力中
– sequence: 9
  fullname: 吴胜男
– sequence: 10
  fullname: 卢学春
– sequence: 11
  fullname: 贺培凤
BookMark eNrjYmDJy89LZWAQMjTQMzQyNDTWNzIwMjIwMzA0ZWHgNDQzN9I1NTUz5WDgLS7OTDIwNjMxNjE0teRk8HjWsPRZw_KXqyc_37z7-cy9LxY2PJ_e-nJy47O1u5_sWvh89o6nrZufzt_1dPaC52tnv2zofNrf9XJRy9MJfc9WLHw6r_v5rJanu3c9X93Nw8CalphTnMoLpbkZ1NxcQ5w9dMsT89IS89Ljs_JLi_KAMvHF5RUVFUDnGRsYGRiYGxOtEAAxs1yH
ClassificationCodes Q344+.14
ContentType Journal Article
Copyright Copyright © Wanfang Data Co. Ltd. All Rights Reserved.
Copyright_xml – notice: Copyright © Wanfang Data Co. Ltd. All Rights Reserved.
DBID 2B.
4A8
92I
93N
PSX
TCJ
DOI 10.12113/202206015
DatabaseName Wanfang Data Journals - Hong Kong
WANFANG Data Centre
Wanfang Data Journals
万方数据期刊 - 香港版
China Online Journals (COJ)
China Online Journals (COJ)
DatabaseTitleList
DeliveryMethod fulltext_linktorsrc
DocumentTitle_FL Screening of genes related to ferroptosis in acute myeloid leukemia and establishment of a prognostic model
EndPage 137
ExternalDocumentID swxxx202302007
GrantInformation_xml – fundername: (保健专项科研课题); (国家重点研发计划); (山西省重点研发计划
  funderid: (保健专项科研课题); (国家重点研发计划); (社发领域)重点项目)
GroupedDBID -01
2B.
2C.
4A8
92E
92I
93N
ACGFS
ALMA_UNASSIGNED_HOLDINGS
CCEZO
CCVFK
CW9
PSX
TCJ
TGP
U1G
ID FETCH-wanfang_journals_swxxx2023020073
ISSN 1672-5565
IngestDate Tue Feb 13 23:40:33 EST 2024
IsPeerReviewed true
IsScholarly true
Issue 2
Keywords 预后模型
铁死亡
转录组
急性髓系白血病
Language Chinese
LinkModel OpenURL
MergedId FETCHMERGED-wanfang_journals_swxxx2023020073
ParticipantIDs wanfang_journals_swxxx202302007
PublicationCentury 2000
PublicationDate 2023
PublicationDateYYYYMMDD 2023-01-01
PublicationDate_xml – year: 2023
  text: 2023
PublicationDecade 2020
PublicationTitle 生物信息学
PublicationTitle_FL China Journal of Bioinformatics
PublicationYear 2023
Publisher 中国人民解放军总医院 第二医学中心血液科,国家老年疾病临床医学研究中心,北京 100853%山西医科大学 基础医学院,山西 晋中 030606%中国人民解放军总医院 第二医学中心血液科,国家老年疾病临床医学研究中心,北京 100853
山西医科大学 管理学院,山西 晋中 030606%解放军医学院,北京 100853
Publisher_xml – name: 山西医科大学 管理学院,山西 晋中 030606%解放军医学院,北京 100853
– name: 中国人民解放军总医院 第二医学中心血液科,国家老年疾病临床医学研究中心,北京 100853%山西医科大学 基础医学院,山西 晋中 030606%中国人民解放军总医院 第二医学中心血液科,国家老年疾病临床医学研究中心,北京 100853
SSID ssib036434159
ssib001104639
ssib025702215
ssj0000602667
ssib002263247
ssib051374458
Score 4.6870437
Snippet Q344+.14; 基于急性髓系白血病(Acute Myeloid Leukemia,AML)临床大数据及多组学数据库探讨铁死亡相关基因在AML中的作用,并建立铁死亡基因表达相关预后模型.整合TCGA数据库中151 例AML患者和GTEx数据库中337 例正常人外周血的临床和转录组数据.将Wilcoxon检验和单因素...
SourceID wanfang
SourceType Aggregation Database
StartPage 128
Title 急性髓系白血病铁死亡相关基因筛选及预后模型的建立
URI https://d.wanfangdata.com.cn/periodical/swxxx202302007
Volume 21
hasFullText 1
inHoldings 1
isFullTextHit
isPrint
link http://utb.summon.serialssolutions.com/2.0.0/link/0/eLvHCXMw7V3Na1QxEH-U1oMXUVT8tgfjZVl9L-8jyTHZfUvx4KlCb2U_unpawba09LRCe9CCCj2IFtQVRKH01Iu0-N_49rn_hTOT7O6rLVTFo_BYZpPJzG9msiR5m0w87xasjP2w3myV20Es8G_GRrne9FvlFgz3flsIHARxt8X9ZOZBdG8unps4FRV2LS0vNe401449V_I3UYUyiCuekv2DyI6EQgHQEF_4hAjD52_FmKUJ7lTQ8ZAQLFVMG6ZClgpmQmYMEkoxU2WpZDpANiwRTMbIDJwywOa6SswRMxrZkMcwI1kaIyeIAkLVsBYJwzTJgVZAgxwQKxUx15jUBIMzGREzVKWkggBgScqkBaYdD6hGyQLBS1OcMRNbhKqBABVaEcgaiUoQvK6hBECiR28ZyTIAJZHFxNRIoCpTYBEIy-IwESpGKVASjFkk2gW6QIoC__jjGoBcIR-AIk6OT_Crw-5eo9gzztTlCbRElNZ9GA_yNZoNGH2mAooQuCAkfVCbkkMTcjEF2BBIWSGCTNS8RG6r4GMlQvWYyTnmkHowSIaF7gDq4eEkRyAOXimgJKcAg3WGpAAahS7DyCSEctShSIuxIdXUEY4iEegoRc0hLuY4bHxoAoh1XbJSwgRReHtKTHwBPmgDtRmrGdqA-iIKjFNcKvRgMTT9KDrnVQfhsJoSBUZRp3GYS7ga9hNC9T_C_yTChXlSIng5ju01L8OJlE114AYMXpgVBS7_g51gBzbL05G5Gw8CTCLD8ex_4ttD3r_kwl9cWV1dxV-vb1OITHGhYpjXTGlTNbXxMhA3rhSyHXO6lGK0zMKLOzkfL4NCGJCiwrIuBoRR5HaL2Bm9D-sYuqdraLfLdI2Y744Q08HPTrveeVhYo8ye9c64lwvT2o4U57yJtUfnvZl-91O_-3mws5XvHeRvvv3odfPXG4Otp_3dg-_7vXz7a7axl73fz7Y_5Lvbg-6z7OXzwcf17NWL_pde9m4zf7ueHeznO5sXvNu1dLYyU3ba590YtTh_2GHhRW-y87izcMmblqIuJQ-SuNHgUctvqKaqN_FCwsgXbV-Iy97NE4RdOZHjqncaafvC-po3ufRkeeE6LOGWGjdcxH4Cy8MZFg
link.rule.ids 315,786,790,4043,27956,27957,27958
linkProvider EBSCOhost
openUrl ctx_ver=Z39.88-2004&ctx_enc=info%3Aofi%2Fenc%3AUTF-8&rfr_id=info%3Asid%2Fsummon.serialssolutions.com&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rft.genre=article&rft.atitle=%E6%80%A5%E6%80%A7%E9%AB%93%E7%B3%BB%E7%99%BD%E8%A1%80%E7%97%85%E9%93%81%E6%AD%BB%E4%BA%A1%E7%9B%B8%E5%85%B3%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E7%AD%9B%E9%80%89%E5%8F%8A%E9%A2%84%E5%90%8E%E6%A8%A1%E5%9E%8B%E7%9A%84%E5%BB%BA%E7%AB%8B&rft.jtitle=%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6&rft.au=%E9%99%88%E6%B5%A9%E7%84%B6&rft.au=%E7%8E%8B%E7%B4%AB%E5%AE%81&rft.au=%E8%80%BF%E6%9D%B0&rft.au=%E5%BC%A0%E9%92%A7%E6%A0%8B&rft.date=2023&rft.pub=%E4%B8%AD%E5%9B%BD%E4%BA%BA%E6%B0%91%E8%A7%A3%E6%94%BE%E5%86%9B%E6%80%BB%E5%8C%BB%E9%99%A2+%E7%AC%AC%E4%BA%8C%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E4%B8%AD%E5%BF%83%E8%A1%80%E6%B6%B2%E7%A7%91%2C%E5%9B%BD%E5%AE%B6%E8%80%81%E5%B9%B4%E7%96%BE%E7%97%85%E4%B8%B4%E5%BA%8A%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E4%B8%AD%E5%BF%83%2C%E5%8C%97%E4%BA%AC+100853%25%E5%B1%B1%E8%A5%BF%E5%8C%BB%E7%A7%91%E5%A4%A7%E5%AD%A6+%E5%9F%BA%E7%A1%80%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E9%99%A2%2C%E5%B1%B1%E8%A5%BF+%E6%99%8B%E4%B8%AD+030606%25%E4%B8%AD%E5%9B%BD%E4%BA%BA%E6%B0%91%E8%A7%A3%E6%94%BE%E5%86%9B%E6%80%BB%E5%8C%BB%E9%99%A2+%E7%AC%AC%E4%BA%8C%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E4%B8%AD%E5%BF%83%E8%A1%80%E6%B6%B2%E7%A7%91%2C%E5%9B%BD%E5%AE%B6%E8%80%81%E5%B9%B4%E7%96%BE%E7%97%85%E4%B8%B4%E5%BA%8A%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E7%A0%94%E7%A9%B6%E4%B8%AD%E5%BF%83%2C%E5%8C%97%E4%BA%AC+100853&rft.issn=1672-5565&rft.volume=21&rft.issue=2&rft.spage=128&rft.epage=137&rft_id=info:doi/10.12113%2F202206015&rft.externalDocID=swxxx202302007
thumbnail_s http://utb.summon.serialssolutions.com/2.0.0/image/custom?url=http%3A%2F%2Fwww.wanfangdata.com.cn%2Fimages%2FPeriodicalImages%2Fswxxx%2Fswxxx.jpg