水涝胁迫下辣椒转录组特征分析及EST-SSR标记开发

Q943; 为开发适当的生物学工具以探索辣椒对水涝胁迫应答的分子机制,该研究对不同淹水处理的辣椒样本进行转录组分析,获得了丰富的序列数据,并在此基础上对SSR分子标记进行挖掘.结果表明:(1)辣椒转录组检测共获得 128 939 个Unigene,其总长度、平均长度和 GC含量分别是 55 082 725、1 101 bp和40.57%.与七大功能数据库进行比较,分别有 102 123 个(NR,79.20%)、110 157 个(NT,85.43%)、70 203个(SwissProt,54.45%)、73 539 个(KOG,57.03%)、77 646 个(KEGG,60.22%)、77...

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Bibliographic Details
Published in广西植物 Vol. 43; no. 11; pp. 2052 - 2064
Main Authors 田怀志, 郭豪, 田浩, 熊兴伟, 张素勤, 耿广东
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 贵州大学 农学院,贵阳 550025%遵义市农业科学研究院,贵州 遵义 563000%贵州大学 农学院,贵阳 550025 2023
贵州大学辣椒产业技术研究院,贵阳 550025
Subjects
waterlogging stress
transcriptome
水涝胁迫
response mechanism
Capsicum annuum(hot pepper)
转录组
辣椒
EST-SSR
响应机制
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Summary:Q943; 为开发适当的生物学工具以探索辣椒对水涝胁迫应答的分子机制,该研究对不同淹水处理的辣椒样本进行转录组分析,获得了丰富的序列数据,并在此基础上对SSR分子标记进行挖掘.结果表明:(1)辣椒转录组检测共获得 128 939 个Unigene,其总长度、平均长度和 GC含量分别是 55 082 725、1 101 bp和40.57%.与七大功能数据库进行比较,分别有 102 123 个(NR,79.20%)、110 157 个(NT,85.43%)、70 203个(SwissProt,54.45%)、73 539 个(KOG,57.03%)、77 646 个(KEGG,60.22%)、77 442 个(GO,60.06%)以及 68 216 个(Pfam,52.91%)Unigene获得功能注释.发现脂质代谢、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、环境适应、次级代谢物生物合成、信号转导和翻译等途径在辣椒水涝胁迫应答中起重要作用.(2)从辣椒转录组数据中发掘到 26 574 个SSR位点分布在 24 889 个Unigene中.SSR的出现频率为 20.61%,其中单核苷酸重复所占比例(37.26%)最高,其次是三核苷酸(31.00%)和二核苷酸(25.44%)重复类型,三者占EST-SSR总数的 93.70%.在单核苷酸与二核苷酸中最多的基序类型为A/T、AG/CT和TC/GA,其次是AT和TA;三核苷酸中最常见的基序类型是TTG/CAA和ACA/TGT.(3)用Primer 3 在线工具设计了10 002 对EST-SSR引物,随机选择 30 对引物进行PCR扩增,均可获得有效扩增.对 3 份辣椒材料进行扩增,其中 7 对引物可以扩增出目标条带.综上所述,在辣椒中优势SSR重复类型的基序结构和其他品种基本相近,并初步探索了辣椒水涝胁迫应答的分子机制,开发了EST-SSR标记,为辣椒耐涝遗传育种提供了参考.
ISSN:1000-3142
DOI:10.11931/guihaia.gxzw202207044