杜仲基因密码子使用模式分析

• Published in: 广西植物 Vol. 41; no. 2; pp. 274 - 282
• Main Authors: 王艳, 赵懿琛, 赵德刚
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 贵州省农业科学研究院, 贵阳 550000 2021; 贵州大学 生命科学学院 茶学院, 山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室,贵阳 550000%贵州大学 生命科学学院 茶学院, 山地植物资源保护与种质创新省部共建教育部重点实验室,贵阳 550000
• Subjects: 偏好性; 密码子; 杜仲基因; 代表性物种; 使用模式
• ISSN: 1000-3142
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201910008

Q943; 为了解杜仲基因密码子使用模式,该文以杜仲基因组密码子为研究对象,运用CodonW软件对杜仲的320个蛋白编码基因进行同义密码子相对使用频率(RSCU)分析、ENC-GC3s关联分析编码基因的密码子ENC值、PR2-plot偏倚分析编码基因的密码子碱基使用频率,并运用CUSP软件与Codon Usage Database软件对杜仲基因密码子的GC含量、使用频率与代表性物种烟草、拟南芥、大肠杆菌和酿酒酵母的密码子GC含量和使用频率进行比较.结果表明:杜仲基因密码子的RSCU>1的密码子有30个,其中18个以G/C结尾、12个以A/U结尾,说明杜仲基因密码子偏好以G/C结尾,且偏好性较强;有效密码子数(ENC)范围为30～60,该范围内的密码子距离标准曲线较远,其ENC值小,偏好性较强;PR2-plot偏倚分析碱基使用频率显示,G>C、U>A;杜仲与代表性物种的GC含量分析显示,杜仲的GC12、GC3以及平均GC含量均高于代表性物种;杜仲与代表性物种的密码子使用频率分析显示,杜仲与烟草、酿酒酵母的密码子偏好较为接近,杜仲与拟南芥、大肠杆菌的密码子偏好差距较大.杜仲是我国特有的珍贵中药材,对其进行密码子使用模式分析,并研究其密码子偏好规律,为杜仲植物基因工程中外源基因的改良及表达提供了理论基础.