凡纳滨对虾CCT6基因克隆及SNP位点筛选

• Published in: 南方农业学报 Vol. 54; no. 9; pp. 2571 - 2583
• Main Authors: 贺莹, 李云, 刘红
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 水产科学国家级实验教学示范中心(上海海洋大学),上海 201306 2023; 上海市水产动物良种创制与绿色养殖协同创新中心(上海海洋大学),上海 201306; 上海水产养殖工程技术研究中心(上海海洋大学),上海 201306
• Subjects: SNP位点; 实时荧光定量PCR; Litopenaeus vannamei; SNP locus; 凡纳滨对虾; CCT6基因; real-time fluorescence quantitative PCR; CCT6 gene
• ISSN: 2095-1191
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2023.09.008

S966.12; [目的]克隆凡纳滨对虾CCT6基因并筛选与生长相关的SNP位点,为选育生长快速的凡纳滨对虾分子标记辅助育种提供参考依据.[方法]通过克隆获得凡纳滨对虾CCT6基因的cDNA和DNA序列,应用ExPASy、InterPro、TMHMM、SOPMA及SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,运用实时荧光定量PCR检测CCT6基因在凡纳滨对虾不同组织及2个不同生长速度的凡纳滨对虾群体中的表达情况,利用直接测序法筛选凡纳滨对虾CCT6基因SNP位点并将其与凡纳滨对虾生长性状进行关联分析.[结果]凡纳滨对虾CCT6基因cDNA序列全长为1835 bp,5'和3'非编码区(UTR)分别为55和193 bp,开放阅读框(ORF)为1587 bp,共编码531个氨基酸残基,DNA全长为15873 bp,具有11个外显子和10个内含子.CCT6基因在凡纳滨对虾眼柄、鳃、胃、肝胰腺、心脏、肠道和肌肉组织中均有表达,在肠道组织中相对表达量显著高于其他组织(P<0.05,下同).A群体凡纳滨对虾最终体质量、最终体长等生长指标显著高于B群体,生长快速的凡纳滨对虾A群体肠道组织中CCT6基因的相对表达量显著高于B群体.于凡纳滨对虾CCT6基因的DNA序列上筛选到6个SNP位点,其中2个SNP位点位于DNA序列的外显子区域,4个位于DNA序列的内含子区域.其中位于内含子区域的C14895C>T位点与凡纳滨对虾的生长性状显著相关,C14895C>T位点CC基因型凡纳滨对虾个体的体长和体质量显著高于TT基因型,且CC基因型在A群体凡纳滨对虾中的数量高于B群体.[结论]CCT6基因在凡纳滨对虾生长发育中具有重要作用,生长快速的A群体趋于纯合的CC基因型,C14895C>T位点可作为选育生长快速的凡纳滨对虾分子标记辅助育种的候选标记.