龟瓢虫(鞘翅目:瓢虫科)线粒体基因组全序列测定与分析

S476.2%Q969; [目的]明确龟瓢虫[Epiverta chelonia(Mader,1933)]线粒体基因组结构特征,分析其系统发育关系,为龟瓢虫的起源、分化和遗传多样性研究提供数据支持.[方法]利用Illumina二代测序技术测定龟瓢虫线粒体基因组,对基因组序列进行注释和分析;基于瓢虫科(Coccinellidae)3亚科[食植瓢虫亚科(Epilachninae)、瓢虫亚科(Coccinelli-nae)和小毛瓢虫亚科(Scymninae)]11种昆虫的线粒体基因组13个蛋白编码基因(Protein-coding genes,PCGs),采用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育进化树....

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Published in南方农业学报 Vol. 54; no. 5; pp. 1317 - 1326
Main Authors 张永科, 张利娟, 卢迎春, 何霞红, 张宏瑞
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 云南省热带作物科学研究所,云南景洪 666100%河南农业大学植物保护学院,河南郑州 450002%云南农业大学继续教育学院,云南昆明 650201%云南农业大学植物保护学院,云南昆明 650201 2023
云南农业大学植物保护学院,云南昆明 650201
西南林业大学/西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室,云南昆明 650224%云南农业大学植物保护学院,云南昆明 650201
Subjects
线粒体基因组
系统发育
Epiverta chelonia(Mader,1933)
全序列测定
mitochondrial genome
phylogeny
complete sequence determination
龟瓢虫
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ISSN2095-1191
DOI10.3969/j.issn.2095-1191.2023.05.005

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Summary:S476.2%Q969; [目的]明确龟瓢虫[Epiverta chelonia(Mader,1933)]线粒体基因组结构特征,分析其系统发育关系,为龟瓢虫的起源、分化和遗传多样性研究提供数据支持.[方法]利用Illumina二代测序技术测定龟瓢虫线粒体基因组,对基因组序列进行注释和分析;基于瓢虫科(Coccinellidae)3亚科[食植瓢虫亚科(Epilachninae)、瓢虫亚科(Coccinelli-nae)和小毛瓢虫亚科(Scymninae)]11种昆虫的线粒体基因组13个蛋白编码基因(Protein-coding genes,PCGs),采用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育进化树.[结果]龟瓢虫线粒体基因组全长17347 bp,包含37个基因(13个PCGs、22个tRNA基因和2个rRNA基因)和1个非编码的控制区,基因重叠区域共11处,间隔区域共9处.基因组拥有鞘翅目昆虫典型线粒体基因组的基因组成和排列顺序,AT含量为75.77%,表现明显的AT偏向性.13个PCGs中除cox1基因以TTG为起始密码子外,其余均以ATN为起始密码子;nad1和nad3基因以TAG为终止密码子,其余11个基因以TAA为终止密码子.除trnS1基因外,其余21个tRNA的二级结构均为典型的三叶草结构,二级结构中出现少量的G-U碱基错配现象.系统发育进化分析结果表明,龟瓢虫与苜蓿瓢虫(Subcoccinella vigintiquatuorpunctata)处于同一分支上.[结论]龟瓢虫线粒体基因组符合瓢虫科昆虫线粒体基因组的一般特征;龟瓢虫与苜蓿瓢虫的亲缘关系较近,与传统的形态学分类相一致.
ISSN:2095-1191
DOI:10.3969/j.issn.2095-1191.2023.05.005