Evaluación computacional de las interacciones de compuestos naturales y el dominio unión al ARN de las nucleolinas utilizando acoplamiento molecular y simulaciones de dinámica molecular /Computational evaluation of the interactions of natural compounds with the RNA binding domain of nucleolins using molecular docking and molecular dynamics simulations

• Published in: Revista de la Academia colombiana de ciencias exactas, físicas y naturales Vol. 47; no. 183; p. 1
• Main Authors: Gayozo-Melgarejo, Elvio, Rojas-Aguade, Laura
• Format: Journal Article
• Language: Spanish
• Published: Academia Colombiana de Ciencias Exactas, Fisicas y Naturales 01.04.2023
• Subjects: Colombia
• DOI: 10.18257/raccefyn.1830
• ISSN: 0370-3908

Varios estudios proponen la nucleolina como un blanco alternativo para la busqueda y el diseno de nuevas terapias antitumorales o anticancerigenas. El objetivo de este estudio fue evaluar compuestos con potenciales afinidades de union al ARN de las nucleolinas mediante herramientas bioinformaticas. Se evaluaron diez compuestos de los cuales tres moleculas (acido betulinico, triptolide y berberina) presentaron afinidades de interaccion con el dominio de union al ARN (RNA binding domain, RBD), exhibiendo valores de energia de union significativamente favorables (p<0,05) y una constante de disociacion calculada ([K.sub.d cale]) entre 0,14 y 0,91 [micro]M. Las simulaciones de dinamica molecular evidenciaron que unicamente el complejo nucleolina-berberina tuvo estabilidad de interaccion y energia libre de union favorable en el tiempo simulado. Los residuos involucrados en la formacion del complejo eran aminoacidos que cumplen funciones importantes en el sitio activo. Los hallazgos sugieren que, entre los compuestos evaluados, la berberina tuvo resultados favorables como potencial inhibidor de las actividades de la nucleolina, especificamente del dominio RBD.