RNA QUANTITATIVE AMPLICON SEQUENCING FOR GENE EXPRESSION QUANTITATION

• Main Authors: SERRANO, Angela V, ZHANG, Jinny X, DAI, Peng
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 04.05.2023
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

The present application discloses methods of quantitating RNA molecules using a multiplex amplicon sequencing system. RNA molecules are reverse transcribed into cDNA, then the cDNA is labeled with an oligonucleotide barcode sequence by polymerase chain reaction. Next, the region(s) of interest are amplified for high-throughput sequencing, and quantification of the region(s) of interest in the RNA sample are performed. The provided methods reduce RNA quantitation variation by designing multiple amplicons per transcript, and are compatible with RNA from different sources including formalin-fixed paraffin-embedded RNA. As few as three input RNA molecules can be detected by RNA Quantitative Amplicon sequencing. La présente invention concerne des procédés de quantification de molécules d'ARN à l'aide d'un système de séquençage d'amplicons multiplex. Les molécules d'ARN sont transcrites en sens inverse en ADNc, puis l'ADNc est marqué avec une séquence oligonucléotidique de code-barres par réaction en chaîne de la polymérase. Ensuite, la ou les régions d'intérêt sont amplifiées pour le séquençage à haut débit et on procède à la quantification de la ou des régions d'intérêt dans l'échantillon d'ARN. Les procédés de la présente invention réduisent les variations de quantification de l'ARN en concevant plusieurs amplicons par transcription, et sont compatibles avec l'ARN provenant de différentes sources, y compris l'ARN fixé au formol et inclus dans la paraffine. Le séquençage quantitatif d'amplicons d'ARN permet de détecter dès trois molécules d'ARN d'entrée.