西葫芦CCD基因家族鉴定及其在果实发育中的表达
Q785%Q786; 类胡萝卜素裂解双加氧酶(carotenoid cleavage dioxygenase,CCD)是类胡萝卜素氧化裂解途径中的关键酶,在植物生长发育、香气形成及胁迫响应等过程中均发挥着重要作用.该研究运用生物信息学方法从西葫芦全基因组中鉴定出13条具有完整RPE65保守结构域的CCD基因,为进一步解析CCD基因家族在西葫芦中的功能奠定基础.结果表明:(1)聚类分析显示,13个西葫芦CCD基因编码的蛋白可分为CCD1、CCD4、CCD7、CCD8、NCED、CCD1-like共6个亚组,且CCD8和CCD7亚组与其他家族成员的遗传距离较远.(2)顺式作用元件预测分析发现,CC...
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| Published in | 西北植物学报 Vol. 42; no. 7; pp. 1124 - 1132 |
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| Main Authors | , , , , , |
| Format | Journal Article |
| Language | Chinese |
| Published |
福建省农业科学院作物研究所,福建省蔬菜遗传育种重点实验室,福州 350013
2022
|
| Subjects | |
| Online Access | Get full text |
| ISSN | 1000-4025 |
| DOI | 10.7606/j.issn.1000-4025.2022.07.1124 |
Cover
| Abstract | Q785%Q786; 类胡萝卜素裂解双加氧酶(carotenoid cleavage dioxygenase,CCD)是类胡萝卜素氧化裂解途径中的关键酶,在植物生长发育、香气形成及胁迫响应等过程中均发挥着重要作用.该研究运用生物信息学方法从西葫芦全基因组中鉴定出13条具有完整RPE65保守结构域的CCD基因,为进一步解析CCD基因家族在西葫芦中的功能奠定基础.结果表明:(1)聚类分析显示,13个西葫芦CCD基因编码的蛋白可分为CCD1、CCD4、CCD7、CCD8、NCED、CCD1-like共6个亚组,且CCD8和CCD7亚组与其他家族成员的遗传距离较远.(2)顺式作用元件预测分析发现,CCD基因启动子中含有光信号、激素、环境胁迫和生长发育响应元件.(3)转录组数据分析显示,CCD家族基因具有组织表达特异性,其中3个CCD基因在组织中不表达,CpCCD1基因在叶和果实中显著高表达.(4)在果实发育过程中,8个CCD基因呈现上调表达,2个CCD基因呈现下调表达,其中CpCCD1、CpCCD4a、CpC-CD4b、CpCCD8a这4个CCD基因在果实膨大生长期或成熟期出现显著高表达,推测它们可能在西葫芦果实发育过程中具有重要的调控作用. |
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| AbstractList | Q785%Q786; 类胡萝卜素裂解双加氧酶(carotenoid cleavage dioxygenase,CCD)是类胡萝卜素氧化裂解途径中的关键酶,在植物生长发育、香气形成及胁迫响应等过程中均发挥着重要作用.该研究运用生物信息学方法从西葫芦全基因组中鉴定出13条具有完整RPE65保守结构域的CCD基因,为进一步解析CCD基因家族在西葫芦中的功能奠定基础.结果表明:(1)聚类分析显示,13个西葫芦CCD基因编码的蛋白可分为CCD1、CCD4、CCD7、CCD8、NCED、CCD1-like共6个亚组,且CCD8和CCD7亚组与其他家族成员的遗传距离较远.(2)顺式作用元件预测分析发现,CCD基因启动子中含有光信号、激素、环境胁迫和生长发育响应元件.(3)转录组数据分析显示,CCD家族基因具有组织表达特异性,其中3个CCD基因在组织中不表达,CpCCD1基因在叶和果实中显著高表达.(4)在果实发育过程中,8个CCD基因呈现上调表达,2个CCD基因呈现下调表达,其中CpCCD1、CpCCD4a、CpC-CD4b、CpCCD8a这4个CCD基因在果实膨大生长期或成熟期出现显著高表达,推测它们可能在西葫芦果实发育过程中具有重要的调控作用. |
| Author | 李永平 朱海生 陈敏氡 裘波音 刘建汀 王彬 |
| AuthorAffiliation | 福建省农业科学院作物研究所,福建省蔬菜遗传育种重点实验室,福州 350013 |
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| Author_FL | ZHU Haisheng CHEN Mindong LI Yongping LIU Jianting QIU Boyin WANG Bin |
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| DOI | 10.7606/j.issn.1000-4025.2022.07.1124 |
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| Discipline | Botany |
| DocumentTitle_FL | Genome-wide Identification and Expression Analysis of CCD Gene Family in Fruit Development of Zucchini |
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| Issue | 7 |
| Keywords | CCD基因家族 生物信息学分析 西葫芦 表达分析 |
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| PublicationDecade | 2020 |
| PublicationTitle | 西北植物学报 |
| PublicationTitle_FL | Acta Botanica Boreali-Occidentalia Sinica |
| PublicationYear | 2022 |
| Publisher | 福建省农业科学院作物研究所,福建省蔬菜遗传育种重点实验室,福州 350013 |
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