基于甘蔗及其近缘属参考基因组开发SSR标记及数据库

• Published in: 作物学报 Vol. 51; no. 1; pp. 103 - 116
• Main Authors: 匡博文, 韦妳, 刘金典, 陈美燕, 毛兴洁, 段维兴, 杨细平
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 广西大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室,广西南宁 530004 12.01.2025; 广西大学农学院植物科学国家级实验教学示范中心,广西南宁 530004%广西壮族自治区农业科学院甘蔗研究所,广西南宁 530004
• Subjects: 甘蔗; database; 全基因重测序; 数据库; SSR marker; whole genome re-sequencing; SSR标记; sugarcane
• ISSN: 0496-3490
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2025.44056

甘蔗(Saccharum spp.hybrid)是重要的糖料和能源作物.甘蔗基因组复杂,群体遗传学研究相对落后.目前,甘蔗参考基因组仍有待完善.利用甘蔗及其近缘属参考基因组开发甘蔗SSR标记及数据库有助于推动甘蔗群体遗传学的研究.本研究基于3个甘蔗种(割手密种、热带种和栽培种)和2个甘蔗近缘种(芒和高粱)的基因组进行SSR检测,统计各基因组SSR的数量和类型,挑选多态性好的SSR标记对104份甘蔗及近缘属种质材料进行遗传多样性分析.在5个物种的基因组中共鉴定到了1,860,645个SSR,以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复单元类型为主.基因组间SSR的共线性信息显示,甘蔗栽培种和其他物种间的亲缘关系由近到远为:R570、热带种、割手密种、芒、高粱;基于SSR及InDels标记的甘蔗种质资源的遗传多样性分析显示,斑茅92-105最先被单独划分,割手密种为一个类群,大茎野生种和热带种分为一个类群,栽培种为一个类群.最后,围绕5个基因组鉴定的SSR以及引物等相关信息,开发了一个基于Web界面的甘蔗SSR数据库.本研究为甘蔗研究和育种提供了重要的分子工具.