基于BSA-seq方法挖掘大豆再生相关候选基因

转基因生物育种技术可以定向改良大豆品种,为大豆定向育种提供一种新思路.为寻找与大豆再生相关的基因,探索大豆再生规律、提高遗传转化效率,本研究利用再生能力强材料东农 50、再生能力弱材料Keburi及其子代 RIL 群体的 200 份材料进行大豆器官发生试验,比较不同基因型之间再生能力的差异,筛选出极端材料各 20 份,后通过 BSA-seq(bulked segregant analysis sequencing)技术对大豆再生候选基因进行初步定位,共获得 88.04 G 的clean data,平均测序深度为 20.03×,定位到 2 Mb区间,利用GO等数据库对区间内基因进行富集分析,差异...

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Published in作物学报 Vol. 49; no. 11; pp. 2935 - 2948
Main Authors 赵宇晶, 张滨烁, 苏安玉, 于振海, 李佳欢, 林洋, 张艳婷, 武小霞, 赵莹
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 东北农业大学农学院, 黑龙江哈尔滨 150030%东北农业大学资环学院, 黑龙江哈尔滨 150030 12.11.2023
Subjects
soybean
大豆
BSA-seq
regeneration
器官发生
再生
organogenesis
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ISSN0496-3490
DOI10.3724/SP.J.1006.2023.24276

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Summary:转基因生物育种技术可以定向改良大豆品种,为大豆定向育种提供一种新思路.为寻找与大豆再生相关的基因,探索大豆再生规律、提高遗传转化效率,本研究利用再生能力强材料东农 50、再生能力弱材料Keburi及其子代 RIL 群体的 200 份材料进行大豆器官发生试验,比较不同基因型之间再生能力的差异,筛选出极端材料各 20 份,后通过 BSA-seq(bulked segregant analysis sequencing)技术对大豆再生候选基因进行初步定位,共获得 88.04 G 的clean data,平均测序深度为 20.03×,定位到 2 Mb区间,利用GO等数据库对区间内基因进行富集分析,差异表达基因主要富集在纤维素微纤维组织、植物型细胞壁组织或生物发生等 20 个条目中,其中被显著富集的植物型细胞壁组织或生物发生条目中共有6个基因,对6个基因进行组织表达量分析,在丛生芽伸长期间表达水平较高,说明其在大豆再生过程中发挥作用,可能为影响大豆再生的关键基因.本研究为大豆再生机制研究提供了重要的候选基因信息与必要的材料基础.
ISSN:0496-3490
DOI:10.3724/SP.J.1006.2023.24276