结合RNA-seq分析和QTL定位筛选甘蓝型油菜萌发期与铝毒胁迫相关的候选基因

随着土壤酸化程度的加剧,铝毒害已成为影响种子萌发质量和作物产量的重要胁迫因子之一.为研究铝毒对油菜种子萌发过程影响的分子机理,本文采用RNA-seq技术对耐铝品系18D300和敏铝品系27011进行转录组分析,共检测到9344个显著差异表达基因[?log2(fold change)?≥1和FDR≤0.05],其中4406个DEGs基因上调,4938个DEGs下调.GO富集分析发现,差异表达基因主要与氧化反应、细胞碳水化合物代谢过程、转运蛋白活性等相关.KEGG富集分析表明,差异表达基因主要富集于苯丙烷生物合成、淀粉和蔗糖代谢、MAPK信号通路-植物、植物-病原体相互作用、植物激素信号转导等途径...

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Published in作物学报 Vol. 47; no. 12; pp. 2407 - 2422
Main Authors 王瑞莉, 王刘艳, 雷维, 吴家怡, 史红松, 李晨阳, 唐章林, 李加纳, 周清元, 崔翠
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 重庆市油菜工程技术研究中心, 重庆 400715 12.12.2021
西南大学农学与生物科技学院, 重庆 400715%西南大学农学与生物科技学院, 重庆 400715
Subjects
甘蓝型油菜;铝毒胁迫;转录组测序;QTL;差异表达基因
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ISSN0496-3490
DOI10.3724/SP.J.1006.2021.04231

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Abstract 随着土壤酸化程度的加剧,铝毒害已成为影响种子萌发质量和作物产量的重要胁迫因子之一.为研究铝毒对油菜种子萌发过程影响的分子机理,本文采用RNA-seq技术对耐铝品系18D300和敏铝品系27011进行转录组分析,共检测到9344个显著差异表达基因[?log2(fold change)?≥1和FDR≤0.05],其中4406个DEGs基因上调,4938个DEGs下调.GO富集分析发现,差异表达基因主要与氧化反应、细胞碳水化合物代谢过程、转运蛋白活性等相关.KEGG富集分析表明,差异表达基因主要富集于苯丙烷生物合成、淀粉和蔗糖代谢、MAPK信号通路-植物、植物-病原体相互作用、植物激素信号转导等途径.此外,通过整合RNA转录组测序和铝毒胁迫下油菜萌发期根系相关性状的QTL定位结果,共筛出44个差异表达基因(10个下调和34个上调),这些基因主要与氧化应激、渗透调节、细胞壁修饰、转运蛋白、激素信号传导等功能有关.
AbstractList 随着土壤酸化程度的加剧,铝毒害已成为影响种子萌发质量和作物产量的重要胁迫因子之一.为研究铝毒对油菜种子萌发过程影响的分子机理,本文采用RNA-seq技术对耐铝品系18D300和敏铝品系27011进行转录组分析,共检测到9344个显著差异表达基因[?log2(fold change)?≥1和FDR≤0.05],其中4406个DEGs基因上调,4938个DEGs下调.GO富集分析发现,差异表达基因主要与氧化反应、细胞碳水化合物代谢过程、转运蛋白活性等相关.KEGG富集分析表明,差异表达基因主要富集于苯丙烷生物合成、淀粉和蔗糖代谢、MAPK信号通路-植物、植物-病原体相互作用、植物激素信号转导等途径.此外,通过整合RNA转录组测序和铝毒胁迫下油菜萌发期根系相关性状的QTL定位结果,共筛出44个差异表达基因(10个下调和34个上调),这些基因主要与氧化应激、渗透调节、细胞壁修饰、转运蛋白、激素信号传导等功能有关.
Author 史红松
王瑞莉
崔翠
吴家怡
李晨阳
唐章林
王刘艳
周清元
雷维
李加纳
AuthorAffiliation 西南大学农学与生物科技学院, 重庆 400715%西南大学农学与生物科技学院, 重庆 400715;重庆市油菜工程技术研究中心, 重庆 400715
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ZHOU Qing-Yuan
TANG Zhang-Lin
WU Jia-Yi
LEI Wei
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LI Chen-Yang
WANG Liu-Yan
SHI Hong-Song
CUI Cui
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Issue 12
Keywords 甘蓝型油菜;铝毒胁迫;转录组测序;QTL;差异表达基因
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Title 结合RNA-seq分析和QTL定位筛选甘蓝型油菜萌发期与铝毒胁迫相关的候选基因
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