脊尾白虾对低盐胁迫响应的转录组学分析

S917.4; 转录组测序可在各种环境条件下对物种进行高通量测序,通过基因结构分析和功能注释,探讨特定条件下相关基因的功能和表达情况.该研究分别获取低盐胁迫组(盐度0.2)和自然海水组(盐度31)脊尾白虾(Exopalae-mon carinicauda)样品,通过Illumina平台进行转录组测序,获得13.92 Gb高质量测序数据,组装得到111618条转录本和72734条Unigenes,其中有22879条Unigenes得到注释,比对到Nr数据库的Unigenes为21931条;筛选出1492条脊尾白虾低盐胁迫差异显著表达基因,包括829条上调基因和663条下调基因,其中有810条差异...

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Published in南方水产科学 Vol. 16; no. 5; pp. 19 - 32
Main Authors 沈晔, 王兴强, 曹梅, 郑年昊, 陈百尧, 秦传新
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 江苏海洋大学海洋生命与水产学院,江苏 连云港 222005%连云港市农业农村局,江苏 连云港 222005%中国水产科学研究院南海水产研究所,广东 广州 510300 01.10.2020
Subjects
差异表达基因
转录组分析
脊尾白虾
低盐胁迫
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ISSN2095-0780
DOI10.12131/20190267

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Abstract S917.4; 转录组测序可在各种环境条件下对物种进行高通量测序,通过基因结构分析和功能注释,探讨特定条件下相关基因的功能和表达情况.该研究分别获取低盐胁迫组(盐度0.2)和自然海水组(盐度31)脊尾白虾(Exopalae-mon carinicauda)样品,通过Illumina平台进行转录组测序,获得13.92 Gb高质量测序数据,组装得到111618条转录本和72734条Unigenes,其中有22879条Unigenes得到注释,比对到Nr数据库的Unigenes为21931条;筛选出1492条脊尾白虾低盐胁迫差异显著表达基因,包括829条上调基因和663条下调基因,其中有810条差异表达基因得到注释.通过差异表达基因GO功能注释和富集分析及KEGG通路富集分析,锁定大量脊尾白虾在自然海水和淡水环境下的差异表达基因,为深入探讨脊尾白虾在低盐胁迫条件下的生理保护机制提供了技术支撑.
AbstractList S917.4; 转录组测序可在各种环境条件下对物种进行高通量测序,通过基因结构分析和功能注释,探讨特定条件下相关基因的功能和表达情况.该研究分别获取低盐胁迫组(盐度0.2)和自然海水组(盐度31)脊尾白虾(Exopalae-mon carinicauda)样品,通过Illumina平台进行转录组测序,获得13.92 Gb高质量测序数据,组装得到111618条转录本和72734条Unigenes,其中有22879条Unigenes得到注释,比对到Nr数据库的Unigenes为21931条;筛选出1492条脊尾白虾低盐胁迫差异显著表达基因,包括829条上调基因和663条下调基因,其中有810条差异表达基因得到注释.通过差异表达基因GO功能注释和富集分析及KEGG通路富集分析,锁定大量脊尾白虾在自然海水和淡水环境下的差异表达基因,为深入探讨脊尾白虾在低盐胁迫条件下的生理保护机制提供了技术支撑.
Author 曹梅
沈晔
王兴强
陈百尧
郑年昊
秦传新
AuthorAffiliation 江苏海洋大学海洋生命与水产学院,江苏 连云港 222005%连云港市农业农村局,江苏 连云港 222005%中国水产科学研究院南海水产研究所,广东 广州 510300
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QIN Chuanxin
SHEN Ye
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CAO Mei
ZHENG Nianhao
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Issue 5
Keywords 差异表达基因
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Publisher 江苏海洋大学海洋生命与水产学院,江苏 连云港 222005%连云港市农业农村局,江苏 连云港 222005%中国水产科学研究院南海水产研究所,广东 广州 510300
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Snippet S917.4; 转录组测序可在各种环境条件下对物种进行高通量测序,通过基因结构分析和功能注释,探讨特定条件下相关基因的功能和表达情况.该研究分别获取低盐胁迫组(盐度0.2)和自然海水组(盐度31)脊尾白虾(Exopalae-mon carinicauda)样品,通过Illumina平台进行转录组测序,获得13.92...
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