タンパク質三次元共通構造特徴の自動認識

• Published in: Journal of Chemical Software Vol. 7; no. 4; pp. 161 - 170
• Main Authors: 加藤, 博明, 高橋, 由雅
• Format: Journal Article
• Language: Japanese
• Published: 日本コンピュータ化学会 2001

タンパク質三次元共通構造特徴の自動認識のためのアプローチについて報告する。タンパク質の構造は、その構成二次構造セグメントを要素として縮約表現した。本研究では、グラフ論的なクリーク探索アプローチを基礎とした最大共通部分グラフ探索アルゴリズムを利用して、これら二つのタンパク質間の三次元共通構造特徴を同定する。これらの考えをもとに、プログラムAIM (Automated Identification of 3D Motif of proteins)を開発し、典型的なRossmann-foldモチーフを持つことが知られている二つのタンパク質alcohol dehydrogenaseとlactate d...