タンパク質三次元共通構造特徴の自動認識

タンパク質三次元共通構造特徴の自動認識のためのアプローチについて報告する。タンパク質の構造は、その構成二次構造セグメントを要素として縮約表現した。本研究では、グラフ論的なクリーク探索アプローチを基礎とした最大共通部分グラフ探索アルゴリズムを利用して、これら二つのタンパク質間の三次元共通構造特徴を同定する。これらの考えをもとに、プログラムAIM (Automated Identification of 3D Motif of proteins)を開発し、典型的なRossmann-foldモチーフを持つことが知られている二つのタンパク質alcohol dehydrogenaseとlactate d...

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Published inJournal of Chemical Software Vol. 7; no. 4; pp. 161 - 170
Main Authors 加藤, 博明, 高橋, 由雅
Format Journal Article
LanguageJapanese
Published 日本コンピュータ化学会 2001
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Abstract タンパク質三次元共通構造特徴の自動認識のためのアプローチについて報告する。タンパク質の構造は、その構成二次構造セグメントを要素として縮約表現した。本研究では、グラフ論的なクリーク探索アプローチを基礎とした最大共通部分グラフ探索アルゴリズムを利用して、これら二つのタンパク質間の三次元共通構造特徴を同定する。これらの考えをもとに、プログラムAIM (Automated Identification of 3D Motif of proteins)を開発し、典型的なRossmann-foldモチーフを持つことが知られている二つのタンパク質alcohol dehydrogenaseとlactate dehydrogenaseを例とした探索実験を試みたところ、AIMはこのモチーフに対応するペプチドセグメントを正しく認識することが確認できた。また、同定された共通構造特徴を質問構造パターンとして用いた三次元部分構造検索の結果についても併せて報告する。
AbstractList タンパク質三次元共通構造特徴の自動認識のためのアプローチについて報告する。タンパク質の構造は、その構成二次構造セグメントを要素として縮約表現した。本研究では、グラフ論的なクリーク探索アプローチを基礎とした最大共通部分グラフ探索アルゴリズムを利用して、これら二つのタンパク質間の三次元共通構造特徴を同定する。これらの考えをもとに、プログラムAIM (Automated Identification of 3D Motif of proteins)を開発し、典型的なRossmann-foldモチーフを持つことが知られている二つのタンパク質alcohol dehydrogenaseとlactate dehydrogenaseを例とした探索実験を試みたところ、AIMはこのモチーフに対応するペプチドセグメントを正しく認識することが確認できた。また、同定された共通構造特徴を質問構造パターンとして用いた三次元部分構造検索の結果についても併せて報告する。
Author 加藤, 博明
高橋, 由雅
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  organization: 豊橋技術科学大学 知識情報工学系 分子情報システム研究室
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Copyright 2001 化学ソフトウェア学会
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DOI 10.2477/jchemsoft.7.161
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EISSN 1883-8359
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