ChIP-Atlas: A Guide to Traveling Transcriptional Regulation Landscape
真核生物の遺伝子発現は、ゲノムに対する転写因子やヒストンの結合パターンによって時空間的に精密に制御されている。この発現制御機構を理解するため、筆者らはゲノム上のタンパク結合を調べるChIP-seqデータを網羅的に解析し、転写因子の結合とヒストン修飾をゲノムワイドに閲覧できるChIP-Atlas（https://chip-atlas.org）を開発している。最近では、ATAC-seqとBisulfite-seqデータを新たに統合し、転写調節領域のエピゲノム状態をより多面的に捉えられるようになった。本稿では、ChIP-Atlasを概観した後、創薬医学、再生医学、遺伝性疾患などの研究分野における実際...
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| Published in | JSBi Bioinformatics Review Vol. 4; no. 1; pp. 1 - 9 |
|---|---|
| Main Authors | , |
| Format | Journal Article |
| Language | Japanese |
| Published |
Japanese Society for Bioinformatics
2023
特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会 |
| Online Access | Get full text |
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| Abstract | 真核生物の遺伝子発現は、ゲノムに対する転写因子やヒストンの結合パターンによって時空間的に精密に制御されている。この発現制御機構を理解するため、筆者らはゲノム上のタンパク結合を調べるChIP-seqデータを網羅的に解析し、転写因子の結合とヒストン修飾をゲノムワイドに閲覧できるChIP-Atlas（https://chip-atlas.org）を開発している。最近では、ATAC-seqとBisulfite-seqデータを新たに統合し、転写調節領域のエピゲノム状態をより多面的に捉えられるようになった。本稿では、ChIP-Atlasを概観した後、創薬医学、再生医学、遺伝性疾患などの研究分野における実際の応用例を中心に紹介する。このように、ChIP-Atlasのナビゲーションに従い遺伝子転写制御ランドスケープを「旅する」というイメージを膨らませることで、より多くの読者の方がChIP-Atlasを活用した研究成果を生み出し、遺伝子の発現制御機構の解明や生命科学の発展に貢献できればと思う。 |
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| AbstractList | 真核生物の遺伝子発現は、ゲノムに対する転写因子やヒストンの結合パターンによって時空間的に精密に制御されている。この発現制御機構を理解するため、筆者らはゲノム上のタンパク結合を調べるChIP-seqデータを網羅的に解析し、転写因子の結合とヒストン修飾をゲノムワイドに閲覧できるChIP-Atlas（https://chip-atlas.org）を開発している。最近では、ATAC-seqとBisulfite-seqデータを新たに統合し、転写調節領域のエピゲノム状態をより多面的に捉えられるようになった。本稿では、ChIP-Atlasを概観した後、創薬医学、再生医学、遺伝性疾患などの研究分野における実際の応用例を中心に紹介する。このように、ChIP-Atlasのナビゲーションに従い遺伝子転写制御ランドスケープを「旅する」というイメージを膨らませることで、より多くの読者の方がChIP-Atlasを活用した研究成果を生み出し、遺伝子の発現制御機構の解明や生命科学の発展に貢献できればと思う。 |
| Author | Zou Zhaonan Oki Shinya |
| Author_FL | 鄒 兆南 沖 真弥 |
| Author_FL_xml | – sequence: 1 fullname: 鄒 兆南 – sequence: 2 fullname: 沖 真弥 |
| Author_xml | – sequence: 1 orcidid: 0000-0002-1075-4936 fullname: Zou Zhaonan organization: 京都大学大学院医学研究科創薬医学講座 | Department of Drug Discovery Medicine, Kyoto University Graduate School of Medicine | 日本学術振興会 | Japan Society for the Promotion of Science – sequence: 2 orcidid: 0000-0002-4767-3259 fullname: Oki Shinya organization: 京都大学大学院医学研究科創薬医学講座 | Department of Drug Discovery Medicine, Kyoto University Graduate School of Medicine |
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| DocumentTitle_FL | ChIP-Atlas 〜転写制御ランドスケープの歩き方 |
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| Publisher | Japanese Society for Bioinformatics 特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会 |
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| Title | ChIP-Atlas: A Guide to Traveling Transcriptional Regulation Landscape |
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