应用系统发育分析方法鉴别近缘病原菌

R372; 目的:以gyrB基因序列为基础,采用系统发育分析方法构建进化树,对种系关系密切的病原菌进行区分鉴别.方法:测序获得本地区19株大肠埃希菌、13株志贺菌、2株豚鼠气单胞菌、2株嗜水气单胞菌、1株维隆气单胞菌的gyrB基因序列,并将其同公共数据库已有序列合并,构建进化树.分析各序列在树中的聚类关系,以此对菌株进行种水平分类鉴别,并同BLAST查询结果相比较.结果:除鲍氏和痢疾志贺菌外,对检测的所有序列,在进化树上与之最邻近的5条序列均为该种菌株.而对一部分菌株,其BLAST查询结果中含有其它菌种的或分类关系不明确的序列.结论:以系统发育方法对种系发生关系密切的病原菌序列进行鉴别,具有较...

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Published in浙江大学学报（医学版） Vol. 36; no. 6; pp. 531 - 536
Main Authors 曹清毅, 侯晓丽, 吴昊, 陈智
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 浙江大学医学院附属第一医院传染病研究所,浙江,杭州,310003 2007
Subjects
gyrB基因
鉴别
系统发育树
序列分析
细菌
基因
BLAST
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Summary:R372; 目的:以gyrB基因序列为基础,采用系统发育分析方法构建进化树,对种系关系密切的病原菌进行区分鉴别.方法:测序获得本地区19株大肠埃希菌、13株志贺菌、2株豚鼠气单胞菌、2株嗜水气单胞菌、1株维隆气单胞菌的gyrB基因序列,并将其同公共数据库已有序列合并,构建进化树.分析各序列在树中的聚类关系,以此对菌株进行种水平分类鉴别,并同BLAST查询结果相比较.结果:除鲍氏和痢疾志贺菌外,对检测的所有序列,在进化树上与之最邻近的5条序列均为该种菌株.而对一部分菌株,其BLAST查询结果中含有其它菌种的或分类关系不明确的序列.结论:以系统发育方法对种系发生关系密切的病原菌序列进行鉴别,具有较好的分辨力和准确度.
ISSN:1008-9292
DOI:10.3785/j.issn.1008-9292.2007.06.003