玫瑰根系AMF 18S rRNA基因克隆文库构建及分析 - 任禛 尹敏 夏体渊 陈泽斌 尹利方 韩丽 靳松 王定康 (西南农业学报, 2017)
[目的]本文研究了玫瑰根系的AMF多样性和组成结构。[方法]从昆明学院种质资源圃随机采集玫瑰‘卡罗拉’3株,采用CTAB法提取根系DNA,运用巢式PCR扩增AM真菌部分18S rRNA基因区域,扩增产物混合后构建克隆文库,最终确定30个阳性克隆子测序,并对文库进行评价和分析。[结果]文库Coverage C值为80%,但Rarefaction曲线不够饱和,应加大文库克隆子数目;文库多样性参数香农指数和辛普森指数分别为1.432和0.25,物种丰富度为4.0;以98%为界,30条序列被划分为15个OTU,均为Glomus的种类;其中OTU1是文库中的主要类型,OTU2-OTU9代表了常见类型,而OTU10-OTU15为稀有类型;有10个OTU在系统进化树上单独聚类,代表着Glomus较为新颖的种类。[结论]在玫瑰根系发现的15个OTU全为Glomus的种类,其中主要类型1种,常见类型8种,稀有类型6种,具体分类地位均不清楚。