沙田柚RING-H2 finger基因的生物信息学分析 - 李惠敏;罗琼;肖君;李少梅;刘华英;秦新民 (生物信息学, 2017)
为探讨沙田柚自交不亲和性的机理，利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序，通过差异分析得到了沙田柚RING—H2finger基因序列。采用生物信息学方法，对其编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构以及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明：该基因全长为845bp，开放阅读框（ORF）全长为387bp，编码128个氨基酸，编码蛋白质的分子量为13．61KDa，理论等电点为4．26；该蛋白质含有一个植物RING-H2finger蛋白家族的保守结构域，为疏水性不稳定蛋白。氨基酸序列分析表明，其编码的氨基酸与甜橙（Cs4g15340．1）RING—H2finger蛋白的相似度为98％。这些分析结果可为今后深入研究该蛋白的结构特征和功能提供参考。