苯磺酰胺从碳酸酐酶Ⅱ中脱离过程的分子动力学模拟

• Published in: 物理化学学报 Vol. 29; no. 4; pp. 843 - 848
• Main Author: 孙维琦 张继龙 郑清川 孙志伟 张红星
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 吉林大学公共卫生学院,长春130021%吉林大学理论化学研究所,理论化学计算国家重点实验室,长春130023%北华大学公共卫生学院,吉林吉林132013%首都医科大学公共卫生与家庭医学院,北京100069 2013
• Subjects: 分子动力学模拟; 底物结合; 碳酸酐酶; 自由能; 苯磺酰胺; 自由能; Carbonic anhydrase II; 碳酸酐酶II; 底物结合; Substrate?s binding; Phenylsulfonamide; 苯磺酰胺; 分子动力学模拟; Molecular dynamics simulation; Free energy

综合运用分子动力学模拟和自由能计算方法研究了苯磺酰胺分子从碳酸酐酶Ⅱ（CAⅡ）的活性位点脱离过程中底物与酶之间的动态相互作用.脱离过程的平均力势（PMF）显示,底物脱离时存在一个特殊的结合状态.其中,静电相互作用占据了主导地位.轨迹分析显示,除了金属离子的配位作用之外,底物脱离路径上的关键残基Leu198、Thr199和Thr200通过与底物磺胺基的氢键作用阻碍了底物从酶中的脱离.当前的研究对于深入认识磺胺类药物与CAⅡ的详细结合过程和相关的药物改良与设计具有重要的指导意义....