生物效应大数据评估聚类算法的并行优化

生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标。基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式。综合考虑了MPI、Open MP两级并行加速,移植优化了基因探针富集分析（GSEA）比对算法和聚类算法,使用不同的数据量和并行度验证了优化后算法潜在的良好可扩展性和快速处理海量生物信息数据的能力。...

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Bibliographic Details
Published in大数据 Vol. 4; no. 3; pp. 24 - 36
Main Authors 彭绍亮, 杨顺云, 孙哲, 程敏霞, 崔英博, 王晓伟, 李非, 伯晓晨, 廖湘科
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 人民邮电出版社有限公司 01.06.2018
国防科技大学计算机学院, 湖南 长沙 410073%国防科技大学计算机学院,湖南 长沙,410073%湖南大学信息科学与工程学院&国家超级计算长沙中心,湖南 长沙,410082%中国人民解放军军事医学科学院,北京,100850
湖南大学信息科学与工程学院&国家超级计算长沙中心, 湖南 长沙 410082
Subjects
聚类
GSEA
OpenMP
MPI
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ISSN2096-0271
DOI10.11959/j.issn.2096-0271.2018027

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Summary:生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标。基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式。综合考虑了MPI、Open MP两级并行加速,移植优化了基因探针富集分析（GSEA）比对算法和聚类算法,使用不同的数据量和并行度验证了优化后算法潜在的良好可扩展性和快速处理海量生物信息数据的能力。
ISSN:2096-0271
DOI:10.11959/j.issn.2096-0271.2018027