生物效应大数据评估聚类算法的并行优化
生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标。基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式。综合考虑了MPI、Open MP两级并行加速,移植优化了基因探针富集分析（GSEA）比对算法和聚类算法,使用不同的数据量和并行度验证了优化后算法潜在的良好可扩展性和快速处理海量生物信息数据的能力。...
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| Published in | 大数据 Vol. 4; no. 3; pp. 24 - 36 |
|---|---|
| Main Authors | , , , , , , , , |
| Format | Journal Article |
| Language | Chinese |
| Published |
人民邮电出版社有限公司
01.06.2018
国防科技大学计算机学院, 湖南 长沙 410073%国防科技大学计算机学院,湖南 长沙,410073%湖南大学信息科学与工程学院&国家超级计算长沙中心,湖南 长沙,410082%中国人民解放军军事医学科学院,北京,100850 湖南大学信息科学与工程学院&国家超级计算长沙中心, 湖南 长沙 410082 |
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| ISSN | 2096-0271 |
| DOI | 10.11959/j.issn.2096-0271.2018027 |
Cover
| Abstract | 生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标。基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式。综合考虑了MPI、Open MP两级并行加速,移植优化了基因探针富集分析（GSEA）比对算法和聚类算法,使用不同的数据量和并行度验证了优化后算法潜在的良好可扩展性和快速处理海量生物信息数据的能力。 |
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| AbstractList | TP391; 生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标.基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式.综合考虑了MPI、OpenMP两级并行加速,移植优化了基因探针富集分析(GSEA)比对算法和聚类算法,使用不同的数据量和并行度验证了优化后算法潜在的良好可扩展性和快速处理海量生物信息数据的能力. 生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标。基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式。综合考虑了MPI、Open MP两级并行加速,移植优化了基因探针富集分析（GSEA）比对算法和聚类算法,使用不同的数据量和并行度验证了优化后算法潜在的良好可扩展性和快速处理海量生物信息数据的能力。 |
| Author | 崔英博 孙哲 伯晓晨 杨顺云 王晓伟 彭绍亮 程敏霞 李非 廖湘科 |
| AuthorAffiliation | 湖南大学信息科学与工程学院&国家超级计算长沙中心, 湖南 长沙 410082;国防科技大学计算机学院, 湖南 长沙 410073%国防科技大学计算机学院,湖南 长沙,410073%湖南大学信息科学与工程学院&国家超级计算长沙中心,湖南 长沙,410082%中国人民解放军军事医学科学院,北京,100850 |
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| Author_FL | WANG Xiaowei YANG Shunyun LI Fei CHENG Minxia BO Xiaochen CUI Yingbo PENG Shaoliang LIAO Xiangke SUN Zhe |
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| PublicationTitle | 大数据 |
| PublicationTitle_FL | Big Data Research |
| PublicationYear | 2018 |
| Publisher | 人民邮电出版社有限公司 国防科技大学计算机学院, 湖南 长沙 410073%国防科技大学计算机学院,湖南 长沙,410073%湖南大学信息科学与工程学院&国家超级计算长沙中心,湖南 长沙,410082%中国人民解放军军事医学科学院,北京,100850 湖南大学信息科学与工程学院&国家超级计算长沙中心, 湖南 长沙 410082 |
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| Title | 生物效应大数据评估聚类算法的并行优化 |
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