Estructura y diversidad genética en vacas Holstein de Antioquia usando un polimorfismo del gen bGH
RESUMENObjetivo. Determinar las frecuencias alélicas y genotípicas del polimorfismo del intrón 3 del gen bGH y estimar algunos parámetros de estructura poblacional en ganado Holstein. Materiales y métodos. El estudio se realizó con 1366 vacas Holstein en 120 hatos de 11 municipios del departamento d...
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| Published in | Revista MVZ (Medicina Veterinaria y Zootecnia) Vol. 18; no. 1; pp. 3346 - 3354 |
|---|---|
| Main Authors | , , |
| Format | Journal Article |
| Language | English Spanish |
| Published |
Universidad de Cordoba
2013
Universidad de Córdoba - Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia Universidad de Córdoba |
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| Abstract | RESUMENObjetivo. Determinar las frecuencias alélicas y genotípicas del polimorfismo del intrón 3 del gen bGH y estimar algunos parámetros de estructura poblacional en ganado Holstein. Materiales y métodos. El estudio se realizó con 1366 vacas Holstein en 120 hatos de 11 municipios del departamento de Antioquia. Se extrajo DNA por el método de Salting out y la genotipificación se realizó usando la técnica de PCR-RFLPs. La diversidad genética se determinó mediante la comparación de las heterocigosidades, El equilibrio de Hardy-Weinberg (HW) y la diferenciación genética entre las poblaciones se realizó usando el software Arlequín 2.0 Las frecuencias alélicas y genotípicas se evaluaron mediante el paquete estadístico SAS®. Resultados. Las frecuencias genotípicas encontradas fueron 0.764 (+/+), 0.223 (+/-) y 0.013 (-/-) y las frecuencias alélicas 0.876 (+) y 0.124 (-). No se encontraron desviaciones del Equilibrio de Hardy Weinberg en ninguna de las subpoblaciones. La diversidad genética determinada mediante la comparación de las heterocigosidades fue relativamente baja entre poblaciones pero al interior de estas no. El valor de FST de toda la población fue de 0.0068 y significativo (p<0.05), algunos FST pareados también lo fueron, tomando valores desde 0.0 a 0.13. Los estadísticos FIT y FIS no fueron significativos. Conclusiones. El gen bGH es un candidato interesante para evaluar características de importancia económica ya que no parece haber sido sometido a selección directa, presenta una variabilidad media en las poblaciones, observándose diferenciación genética significativa entre distintos municipios, producto de los diferentes sistemas de producción y acceso a las biotecnologías. |
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| AbstractList | RESUMENObjetivo. Determinar las frecuencias alélicas y genotípicas del polimorfismo del intrón 3 del gen bGH y estimar algunos parámetros de estructura poblacional en ganado Holstein. Materiales y métodos. El estudio se realizó con 1366 vacas Holstein en 120 hatos de 11 municipios del departamento de Antioquia. Se extrajo DNA por el método de Salting out y la genotipificación se realizó usando la técnica de PCR-RFLPs. La diversidad genética se determinó mediante la comparación de las heterocigosidades, El equilibrio de Hardy-Weinberg (HW) y la diferenciación genética entre las poblaciones se realizó usando el software Arlequín 2.0 Las frecuencias alélicas y genotípicas se evaluaron mediante el paquete estadístico SAS®. Resultados. Las frecuencias genotípicas encontradas fueron 0.764 (+/+), 0.223 (+/-) y 0.013 (-/-) y las frecuencias alélicas 0.876 (+) y 0.124 (-). No se encontraron desviaciones del Equilibrio de Hardy Weinberg en ninguna de las subpoblaciones. La diversidad genética determinada mediante la comparación de las heterocigosidades fue relativamente baja entre poblaciones pero al interior de estas no. El valor de FST de toda la población fue de 0.0068 y significativo (p<0.05), algunos FST pareados también lo fueron, tomando valores desde 0.0 a 0.13. Los estadísticos FIT y FIS no fueron significativos. Conclusiones. El gen bGH es un candidato interesante para evaluar características de importancia económica ya que no parece haber sido sometido a selección directa, presenta una variabilidad media en las poblaciones, observándose diferenciación genética significativa entre distintos municipios, producto de los diferentes sistemas de producción y acceso a las biotecnologías. Objetivo. Determinar las frecuencias alélicas y genotípicas del polimorfismo del intrón 3 del gen bGH y estimar algunos parámetros de estructura poblacional en ganado Holstein. Materiales y métodos. El estudio se realizó con 1366 vacas Holstein en 120 hatos de 11 municipios del departamento de Antioquia. Se extrajo DNA por el método de Salting out y la genotipificación se realizó usando la técnica de PCR-RFLPs. La diversidad genética se determinó mediante la comparación de las heterocigosidades, El equilibrio de Hardy-Weinberg (HW) y la diferenciación genética entre las poblaciones se realizó usando el software Arlequín 2.0 Las frecuencias alélicas y genotípicas se evaluaron mediante el paquete estadístico SAS®. Resultados. Las frecuencias genotípicas encontradas fueron 0.764 (+/+), 0.223 (+/-) y 0.013 (-/-) y las frecuencias alélicas 0.876 (+) y 0.124 (-). No se encontraron desviaciones del Equilibrio de Hardy Weinberg en ninguna de las subpoblaciones. La diversidad genética determinada mediante la comparación de las heterocigosidades fue relativamente baja entre poblaciones pero al interior de estas no. El valor de FST de toda la población fue de 0.0068 y significativo (p<0.05), algunos FST pareados también lo fueron, tomando valores desde 0.0 a 0.13. Los estadísticos FIT y FIS no fueron significativos. Conclusiones. El gen bGH es un candidato interesante para evaluar características de importancia económica ya que no parece haber sido sometido a selección directa, presenta una variabilidad media en las poblaciones, observándose diferenciación genética significativa entre distintos municipios, producto de los diferentes sistemas de producción y acceso a las biotecnologías. Objective. To determine the allele frequencies and genotypic polymorphism of the intron 3 of gene bGH and estimate structural parameters in Holstein cattle populations. Materials and methods. The study was conducted with 1366 Holstein cows belonging to 120 herds in 11 municipalities of the department of Antioquia. DNA was extracted by the Salting out method and genotyping was carried out using PCR-RFLP. Genetic diversity was determined by comparing the heterozygosities, Hardy-Weinberg (HW) and genetic differentiation between populations was performed using the Arlequin software 3.0. The allelic and genotyping frequencies were assessed using the SAS statistical software. Results. The genotype frequencies found were 0.764 and 0.013 (+/-) 0.223 (+/+), (-/-) and allele frequencies were 0.876 (+) and 0124 (-). There was no unbalance for Hardy Weinberg in the subpopulations. The genetic diversity determined by comparison of the heterozygosity was low among populations but within them it was not. The FST value of the entire population was 0.0068 and significant (p<0.05), FST also matched some were values ranging from 0.0 to 0.13. The statistical FIT and FIS were not significant. Conclusions. The gene bGH is an interesting candidate to economically evaluate important traits because it does not seem to have been subject to direct selection, has a mean variability in populations, showing significant genetic differentiation between several municipalities, resulting from the different production systems and access to biotechnologies. Objetivo. Determinar las frecuencias alélicas y genotípicas del polimorfismo del intrón 3 del gen bGH y estimar algunos parámetros de estructura poblacional en ganado Holstein. Materiales y métodos. El estudio se realizó con 1366 vacas Holstein en 120 hatos de 11 municipios del departamento de Antioquia. Se extrajo DNA por el método de Salting out y la genotipificación se realizó usando la técnica de PCR-RFLPs. La diversidad genética se determinó mediante la comparación de las heterocigosidades, El equilibrio de Hardy-Weinberg (HW) y la diferenciación genética entre las poblaciones se realizó usando el software Arlequín 2.0 Las frecuencias alélicas y genotípicas se evaluaron mediante el paquete estadístico SAS®. Resultados. Las frecuencias genotípicas encontradas fueron 0.764 (+/+), 0.223 (+/-) y 0.013 (-/-) y las frecuencias alélicas 0.876 (+) y 0.124 (-). No se encontraron desviaciones del Equilibrio de Hardy Weinberg en ninguna de las subpoblaciones. La diversidad genética determinada mediante la comparación de las heterocigosidades fue relativamente baja entre poblaciones pero al interior de estas no. El valor de FST de toda la población fue de 0.0068 y significativo (p<0.05), algunos FST pareados también lo fueron, tomando valores desde 0.0 a 0.13. Los estadísticos FIT y FIS no fueron significativos. Conclusiones. El gen bGH es un candidato interesante para evaluar características de importancia económica ya que no parece haber sido sometido a selección directa, presenta una variabilidad media en las poblaciones, observándose diferenciación genética significativa entre distintos municipios, producto de los diferentes sistemas de producción y acceso a las biotecnologías. Objetivo. Determinar las frecuencias alélicas y genotípicas del polimorfismo del intrón 3 del gen bGH y estimar algunos parámetros de estructura poblacional en ganado Holstein. Materiales y métodos. El estudio se realizó con 1366 vacas Holstein en 120 hatos de 11 municipios del departamento de Antioquia. Se extrajo DNA por el método de Salting out y la genotipificación se realizó usando la técnica de PCR-RFLPs. La diversidad genética se determinó mediante la comparación de las heterocigosidades, El equilibrio de Hardy-Weinberg (HW) y la diferenciación genética entre las poblaciones se realizó usando el software Arlequín 2.0 Las frecuencias alélicas y genotípicas se evaluaron mediante el paquete estadístico SAS[R]. Resultados. Las frecuencias genotípicas encontradas fueron 0.764 (+/+), 0.223 (+/-) y 0.013 (-/-) y las frecuencias alélicas 0.876 (+) y 0.124 (-). No se encontraron desviaciones del Equilibrio de Hardy Weinberg en ninguna de las subpoblaciones. La diversidad genética determinada mediante la comparación de las heterocigosidades fue relativamente baja entre poblaciones pero al interior de estas no. El valor de FST de toda la población fue de 0.0068 y significativo (p<0.05), algunos FST pareados también lo fueron, tomando valores desde 0.0 a 0.13. Los estadísticos FIT y FIS no fueron significativos. Conclusiones. El gen bGH es un candidato interesante para evaluar características de importancia económica ya que no parece haber sido sometido a selección directa, presenta una variabilidad media en las poblaciones, observándose diferenciación genética significativa entre distintos municipios, producto de los diferentes sistemas de producción y acceso a las biotecnologías. Palabras clave: Ganado lechero, genética de poblaciones, marcadores moleculares, polimorfismo (Fuente:AGROVOC). Objective. To determine the allele frequencies and genotypic polymorphism of the intron 3 of gene bGH and estimate structural parameters in Holstein cattle populations. Materials and methods. The study was conducted with 1366 Holstein cows belonging to 120 herds in 11 municipalities of the department of Antioquia. DNA was extracted by the Salting out method and genotyping was carried out using PCR-RFLP. Genetic diversity was determined by comparing the heterozygosities, Hardy-Weinberg (HW) and genetic differentiation between populations was performed using the Arlequin software 3.0. The allelic and genotyping frequencies were assessed using the SAS statistical software. Results. The genotype frequencies found were 0.764 and 0.013 (+/-) 0.223 (+/+), (-/-) and allele frequencies were 0.876 (+) and 0124 (-). There was no unbalance for Hardy Weinberg in the subpopulations. The genetic diversity determined by comparison of the heterozygosity was low among populations but within them it was not. The FST value of the entire population was 0.0068 and significant (p<0.05), FST also matched some were values ranging from 0.0 to 0.13. The statistical FIT and FIS were not significant. Conclusions. The gene bGH is an interesting candidate to economically evaluate important traits because it does not seem to have been subject to direct selection, has a mean variability in populations, showing significant genetic differentiation between several municipalities, resulting from the different production systems and access to biotechnologies. Key words: Dairy cattle, molecular markers, polymorphism, population genetics (Source: AGROVOC). Palabras clave: Ganado lechero, genética de poblaciones, marcadores moleculares, polimorfismo (Fuente:AGROVOC). |
| Audience | Academic |
| Author | Lopez H., Albeiro Echeverri Z., Julian Rincón F., Juan |
| AuthorAffiliation | Grupo BIOGEM Universidad Nacional de Colombia |
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| Copyright | COPYRIGHT 2013 Universidad de Cordoba This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License. LICENCIA DE USO: Los documentos a texto completo incluidos en Dialnet son de acceso libre y propiedad de sus autores y/o editores. Por tanto, cualquier acto de reproducción, distribución, comunicación pública y/o transformación total o parcial requiere el consentimiento expreso y escrito de aquéllos. Cualquier enlace al texto completo de estos documentos deberá hacerse a través de la URL oficial de éstos en Dialnet. Más información: https://dialnet.unirioja.es/info/derechosOAI | INTELLECTUAL PROPERTY RIGHTS STATEMENT: Full text documents hosted by Dialnet are protected by copyright and/or related rights. This digital object is accessible without charge, but its use is subject to the licensing conditions set by its authors or editors. Unless expressly stated otherwise in the licensing conditions, you are free to linking, browsing, printing and making a copy for your own personal purposes. All other acts of reproduction and communication to the public are subject to the licensing conditions expressed by editors and authors and require consent from them. Any link to this document should be made using its official URL in Dialnet. More info: https://dialnet.unirioja.es/info/derechosOAI |
| Copyright_xml | – notice: COPYRIGHT 2013 Universidad de Cordoba – notice: This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License. – notice: LICENCIA DE USO: Los documentos a texto completo incluidos en Dialnet son de acceso libre y propiedad de sus autores y/o editores. Por tanto, cualquier acto de reproducción, distribución, comunicación pública y/o transformación total o parcial requiere el consentimiento expreso y escrito de aquéllos. Cualquier enlace al texto completo de estos documentos deberá hacerse a través de la URL oficial de éstos en Dialnet. Más información: https://dialnet.unirioja.es/info/derechosOAI | INTELLECTUAL PROPERTY RIGHTS STATEMENT: Full text documents hosted by Dialnet are protected by copyright and/or related rights. This digital object is accessible without charge, but its use is subject to the licensing conditions set by its authors or editors. Unless expressly stated otherwise in the licensing conditions, you are free to linking, browsing, printing and making a copy for your own personal purposes. All other acts of reproduction and communication to the public are subject to the licensing conditions expressed by editors and authors and require consent from them. Any link to this document should be made using its official URL in Dialnet. More info: https://dialnet.unirioja.es/info/derechosOAI |
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| DOI | 10.21897/rmvz.197 |
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| Discipline | Veterinary Medicine |
| DocumentTitleAlternate | Structure and genetic diversity of a population Holstein cows of Antioquia department, using a polymorphism of bGH gene |
| EISSN | 1909-0544 |
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| Issue | 1 |
| Keywords | population genetics genética de poblaciones polimorfismo Dairy cattle marcadores moleculares Ganado lechero polymorphism molecular markers |
| Language | English Spanish |
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| PublicationTitle | Revista MVZ (Medicina Veterinaria y Zootecnia) |
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| PublicationYear | 2013 |
| Publisher | Universidad de Cordoba Universidad de Córdoba - Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia Universidad de Córdoba |
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| References | Pawar, R; Tajane, K; Joshi, C; Rank, D; Bramkshtri, B 2007; 77 Sodhi, M; Mukesh, M; Prakash, B; Mishra, B; Sobti, R 2007; 45 Mattos, K; Lama, S; Martinez, M; Ferreira, A 2004; 39 Mohammadabadi, R; Torabi, A; Tahmourespoor, M; Baghizadeh, A; Esmailizadeh, A; Mohammadi, A 2010; 9 Dybus, A 2002; 20 Dybus, A; Grzesiak, W; Szatkowska, I; Blaszczyk, P 2004; 22 Hamilton, M 2009 Gorbani, A; Vaez, R; Bonyadi, M; Amirinia, C 2009; 8 Ge, W; Davis, M; Hines, H 2003; 81 Khatami, S; Lazebny, O; Maksimenko, V; Sulimova, G 2005; 41 Lirón, P; Ripoli, V; De Luca, C; Peral, C; Giovambattista, G 2002; 25 Sadeghi, M; Moradi Shahr-e-Babak, M; Rahimi, G; Nejati, A 2008; 2 2005 Echeverri, J; Vasquez, N; Gallo, Y 2010; 7 Pashaei, S; Azari, M; Hasani, S; Khanahmadi, A; Rostamzadeh, J 2009; 12 Usme, J; Restrepo, F; Trujillo-Bravo, E 2004; 26 2002 Zhou, GL; Jin, HG; Liu, C; Guo, SL; Zhu, Q; Wu, YH 2005; 30 Zakizadeh, S; Rahimi, G; Mirae-Ashtiani, S; Nejati-Javaremi, A; MoradiShahrbabak, M; Reinecke, P; Reissmann, M; Masoudi, A; Amirinia, C; Mirhadi, S 2006; 5 Hartl, L 2000 Bedoya, G; Carvajal, L; Bermudez, N; Moreno, F; Marquez, M; Davies, S 2001; 14 Hartl, L; Clark, G 2007 Provine, W 2001 Zwierzchowski, L; Krzyzewki, J; Strzalkowskan, N; Siadkowska, E; Ryniewicz, Z 2002; 20 |
| References_xml | – volume: 25 start-page: 413 issue: 4 year: 2002 end-page: 419 article-title: Analysis of genetic diversity and population structure in Argentine and Bolivian Creole cattle using five loci related to milk production publication-title: Genet mol biol contributor: fullname: Lirón, P; Ripoli, V; De Luca, C; Peral, C; Giovambattista, G – volume: 26 start-page: 17 issue: 80 year: 2004 end-page: 22 article-title: Kappa-Caseina Bovina y su asociación con el recuento de células somáticas en ganado Holstein publication-title: Actual Biol contributor: fullname: Usme, J; Restrepo, F; Trujillo-Bravo, E – volume: 14 start-page: 109 issue: 2 year: 2001 end-page: 120 article-title: Estructura molecular y poblacional del Ganado criollo Colombiano (GCC) publication-title: Rev Col Cienc Pec contributor: fullname: Bedoya, G; Carvajal, L; Bermudez, N; Moreno, F; Marquez, M; Davies, S – year: 2007 publication-title: Principles of population genetics contributor: fullname: Hartl, L; Clark, G – volume: 9 start-page: 6848 issue: 41 year: 2010 end-page: 6852 article-title: Analysis of bovine growth hormone gene polymorphism of local and Holstein cattle breeds in Kerman province of Iran using polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) publication-title: Afr J Biotechnol contributor: fullname: Mohammadabadi, R; 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Lasallista Investig contributor: fullname: Echeverri, J; Vasquez, N; Gallo, Y – volume: 81 start-page: 641 issue: 3 year: 2003 end-page: 648 article-title: Association of single nucleotide polymorphisms in the growth hormone and growth hormone receptor genes with blood serum insulin like growth factor I concentration and growth traits in angus cattle publication-title: J Anim Sci contributor: fullname: Ge, W; Davis, M; Hines, H – volume: 45 start-page: 145 issue: 1-2 year: 2007 end-page: 153 article-title: MspI Allelic Pattern of Bovine Growth Hormone Gene in Indian Zebu Cattle (Bos indicus) Breeds publication-title: Biochem Genet contributor: fullname: Sodhi, M; Mukesh, M; Prakash, B; Mishra, B; Sobti, R |
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| SourceType | Open Website Open Access Repository Aggregation Database |
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| SubjectTerms | AGRICULTURE, DAIRY & ANIMAL SCIENCE Cattle dairy cattle Ganado lechero genética de poblaciones Internet software marcadores moleculares molecular markers polimorfismo polymorphism population genetics |
| Title | Estructura y diversidad genética en vacas Holstein de Antioquia usando un polimorfismo del gen bGH |
| URI | http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0122-02682013000100013&lng=en&tlng=en https://dialnet.unirioja.es/servlet/oaiart?codigo=4245621 https://doaj.org/article/1a1c0c22d2c74dd281abc570ac846827 |
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