基于参数优化的染色体三维结构预测算法VMBO - 李建更;张卫;李晓丹 (北京工业大学学报, 2018)
认识染色体的三维空间结构对于理解细胞核内基因组的表达、调控等具有重要作用.针对Hi- C数据稀疏 和含有噪声的特点,提出了基于流形优化（manifold based optimization, MBO）与参数优化相结合的染色体三维结构 预测方法-变参数的基于流形优化的算法（ variable-parameter MBO, VMBO）.通过黄金分割算法迭代优化转换参 数,将染色体片段间的接触频率转换为空间距离值;然后用MBO算法重构染色体的三维平均结构（ consensus structures）.在实验部分用模拟数据集和真实的Hi- C数据集进行三维结构预测,预测结果的均方根误差（ root mean squared deviation, RMSD）和距离的斯皮尔曼相关系数（distance Spearman correlation coefficient, dSCC）说明了 VMBO 算法的有效性和鲁棒性.